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hljiang

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] [紧急求助]溶剂分子不好定怎么办

请教各位兄弟姐妹

我做了一个与别人完全一样的晶体,同样条件下合成的。同时也合成了一个系列的其他同构的化合物。
现在准备整理文章,我侧重于做催化,而不是结构。

但是我收了那几个化合物之后,发现把主体框架已经配为水定好之后残余峰就很低了,大概1左右。

然而别人把游离的溶剂分子有定为1个DMF的,也有定为4.3个水分子的。

我的热重分析也显示游离溶剂分子大概为DMF或4.3H2O是比较合适的。

但是根据我的晶体数据都不知道该怎么定水,一旦加水,那个O的温度因子就非常高。而且O...O之间距离有的明显不合理,很近,1.8埃左右。

我下载别人的cif看,发现别人的cif里面根本就是一个框架结构,没有发现有游离的溶剂分子存在。好几个化合物发表在不同刊物上的,都是这个样子。

现在,请问我怎么办?
1,我申请CCDC号码的时候需要把溶剂分子定好才能申请吗?
2,我发文章给的晶体学相关数据,如R值,残余峰等这些都需要是我把溶剂分子定好之后的相应的值吗?

还是我直接说根据TGA和元素分析等结果,分子式中存在4.3H2O,但是给的cif文件等都不需要把游离的水分子加上去?

请有经验的朋友支招,不甚感激!
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岂能尽如人意,但求无愧吾心
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hljiang

铁杆木虫 (著名写手)

自己顶,希望有人帮忙回答一下
岂能尽如人意,但求无愧吾心
2楼2009-04-22 19:35:28
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SEMTEM

银虫 (初入文坛)

同问大虾们?
3楼2009-04-22 21:29:52
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crystalsnet

新虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
洛阳学子(金币+2,VIP+0):回复认真 4-23 08:26
hljiang(金币+2,VIP+0):谢谢答复! 4-23 10:58
1,我申请CCDC号码的时候需要把溶剂分子定好才能申请吗?
当然处理好是最好的!如果实在没办法弄,也只好放着了。但是投稿之前最好确定采用哪种方案?当然从化学角度还是有办法不让原子飘起来,但晶体学上并不合理,也许这就需要我们找到一种平衡吧!4.3个水,我想有可能是4个或者4.5 个吧!

2,我发文章给的晶体学相关数据,如R值,残余峰等这些都需要是我把溶剂分子定好之后的相应的值吗?
最好是弄好了再投吧,精修一遍,很多值也会变化!

还是我直接说根据TGA和元素分析等结果,分子式中存在4.3H2O,但是给的cif文件等都不需要把游离的水分子加上去?
4楼2009-04-22 23:37:46
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hljiang

铁杆木虫 (著名写手)

回复4楼的兄弟

主要是我现在没法定这4个水分子!残余峰已经很小了,一旦定水温度因子就很高,而且O...O间距也不合理。

但是TGA等又显示明显存在游离的溶剂分子。

不知道如何是好?

为什么别人文章里面说有4.3个游离的水分子,但是下载到的cif文件中却没有游离的水分子?
岂能尽如人意,但求无愧吾心
5楼2009-04-23 11:00:37
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hljiang

铁杆木虫 (著名写手)

岂能尽如人意,但求无愧吾心
6楼2009-04-25 10:33:37
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lizuoxi

金虫 (正式写手)

★ ★
waiy2001(金币+1,VIP+0): 4-25 13:44
hljiang(金币+1,VIP+0):谢谢! 4-25 14:39
DMF和水,TGA图上吸热峰相差很大吧。
先确定是DMF还是水。
最少限定性精修
7楼2009-04-25 13:05:54
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hljiang

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by lizuoxi at 2009-4-25 13:05:
DMF和水,TGA图上吸热峰相差很大吧。
先确定是DMF还是水。
最少限定性精修

不明白,兄台能否详细点?
从TGA上怎么判断DMF或是水?
最少限定性精修又是什么意思?怎么执行?

附件:TGA图
岂能尽如人意,但求无愧吾心
8楼2009-04-25 14:38:17
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lizuoxi

金虫 (正式写手)

从TGA上看,DMF和水均有可能。
看来还是得从晶体学角度看。
看如何模拟残余峰,比较合理。
9楼2009-04-25 14:47:28
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


hljiang(金币+1,VIP+0):谢谢! 4-25 15:43
但是我收了那几个化合物之后,发现把主体框架已经配为水定好之后残余峰就很低了,大概1左右

1左右, 如果是游离的,并不算低.
DMF还是水, 从TGA看,都有可能. 或许两者都有.
你没有元素分析的数据吗?

氧氧距离不合理, 要考虑部分占有后合不合理. 有时侯,用点constrains, restrains能解决问题. 但其他表征很重要, 如TGA, IR, EA等.
xi2004-emuch@163.com
10楼2009-04-25 14:56:01
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