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hulqi金虫 (正式写手)
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[交流]
关于蛋白结构预测和信号肽的问题
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我有一个已知序列的基因。使用TMHMM预测有8次穿膜： # Sequence Length: 364 # Sequence Number of predicted TMHs: 8 # Sequence Exp number of AAs in TMHs: 169.90887 # Sequence Exp number, first 60 AAs: 42.41761 # Sequence Total prob of N-in: 0.01895 # Sequence POSSIBLE N-term signal sequence Sequence TMHMM2.0 outside 1 3 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 4 26 Sequence TMHMM2.0 inside 27 38 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 39 61 Sequence TMHMM2.0 outside 62 91 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 92 111 Sequence TMHMM2.0 inside 112 117 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 118 137 Sequence TMHMM2.0 outside 138 156 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 157 179 Sequence TMHMM2.0 inside 180 191 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 192 214 Sequence TMHMM2.0 outside 215 228 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 229 251 Sequence TMHMM2.0 inside 252 300 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 301 323 Sequence TMHMM2.0 outside 324 364 但是用SignalP 3.0 Server 检测信号肽的强度时得出这样的结果： >Sequence length = 70 # Measure Position Value Cutoff signal peptide? max. C 18 0.159 0.52 NO max. Y 18 0.088 0.33 NO max. S 10 0.643 0.92 NO mean S 1-17 0.228 0.49 NO D 1-17 0.158 0.44 NO >Sequence Prediction: Non-secretory protein Signal peptide probability: 0.048 Max cleavage site probability: 0.021 between pos. 27 and 28 两者结论看上去是矛盾的啊。这么多次穿膜信号肽应该很强才对啊。哪位大侠帮我解释一下，多谢了~~ |
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