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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于蛋白结构预测和信号肽的问题
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hulqi

金虫 (正式写手)

[交流] 关于蛋白结构预测和信号肽的问题

我有一个已知序列的基因。使用TMHMM预测有8次穿膜：
# Sequence Length: 364
# Sequence Number of predicted TMHs:  8
# Sequence Exp number of AAs in TMHs: 169.90887
# Sequence Exp number, first 60 AAs:  42.41761
# Sequence Total prob of N-in:        0.01895
# Sequence POSSIBLE N-term signal sequence
Sequence        TMHMM2.0        outside             1     3
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix             4    26
Sequence        TMHMM2.0        inside            27    38
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix            39    61
Sequence        TMHMM2.0        outside            62    91
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix            92   111
Sequence        TMHMM2.0        inside           112   117
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           118   137
Sequence        TMHMM2.0        outside           138   156
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           157   179
Sequence        TMHMM2.0        inside           180   191
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           192   214
Sequence        TMHMM2.0        outside           215   228
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           229   251
Sequence        TMHMM2.0        inside           252   300
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           301   323
Sequence        TMHMM2.0        outside           324   364


但是用SignalP 3.0 Server 检测信号肽的强度时得出这样的结果：
>Sequence              length = 70
# Measure  Position  Value  Cutoff  signal peptide?
  max. C    18       0.159   0.52   NO
  max. Y    18       0.088   0.33   NO
  max. S    10       0.643   0.92   NO
  mean S     1-17    0.228   0.49   NO
          D     1-17    0.158   0.44   NO

>Sequence
Prediction: Non-secretory protein
Signal peptide probability: 0.048
Max cleavage site probability: 0.021 between pos. 27 and 28

两者结论看上去是矛盾的啊。这么多次穿膜信号肽应该很强才对啊。哪位大侠帮我解释一下，多谢了~~
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1楼 2009-04-20 00:04:50
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qgaoamtf

至尊木虫 (职业作家)
可能是膜蛋白。
回复此楼
2楼2009-04-20 08:50:22
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hulqi

金虫 (正式写手)
今天问师兄了，应该是膜牟定蛋白
赞一下 回复此楼
3楼2009-04-20 22:06:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qgaoamtf

至尊木虫 (职业作家)
锚定-anchor.
回复此楼
4楼2009-04-20 22:34:28
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