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junjun27

[交流] 20金币求助：建立一系统发育树

学环境的，筛到的菌测序结果拿到了，通过clustalx比对，mega软件做树，做出的树都很不好，我的未知菌株总是在最外围。想知道怎么解决。
或者奖20金币帮忙建立一个比较漂亮的系统发育树。
真的不甚感激，本专业的都不大懂。。。。。。很郁闷啊

序列
cGACTTCACCCCAATCATCTGTCCCACCTTCGGCGGCTGGCTCCAAAAAGGTTACCTCACCGACTTCGGGTGTTACAAACTCTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCGGCATGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCACGCAGTCGAGTTGCAGACTGCGATCCGAACTGAGAACAGATTTGTGGGATTGGCTTAACCTCGCGGTTTCGCTGCCCTTTGTTCTGCCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCACCTTAGAGTGCCCAACTGAATGCTGGCAACTAAGATCAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCACTCTGCCCCCGAAGGGGACGTCCTATCTCTAGGATTGTCAGAGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGTCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTAATGCGTTAGCTGCAGCACTAAGGGGCGGAAACCCCCTAACACTTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGCTCCCCACGCTTTCGCTCCTCAGCGTCAGTTACAGACCAGAGAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCACATCTCTACGCATTTCACCGCTACACGTGGAATTCCACTCTCCTCTTCTGCACTCAAGTTCCCCAGTTTCCAATGACCCTCCCCGGTTGAGCCGGGGGCTTTCACATCAGACTTAAGAAACCGCCTGCGAGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGGTACCGTCAAGGTGCCGCCCTATTTGAACGGCACTTGTTCTTCCCTAACAACAGAGCTTTACGATCCGAAAACCTTCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCGGAGTTATCCCAGTCTTACAGGCAGGTTACCCACGTGTTACTCACCCGTCCGCCGCTAACATCAGGGAGCAAGCTCCCATCTGTCCGCTCGACTTGCATGTATAGc
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1楼 2009-04-16 21:06:29
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kingleo99

木虫 (小有名气)
★ ★
junjun27(金币+1):谢谢参与
junjun27(金币+1,VIP+0): 4-21 20:58
你的菌株有可能是一个反向序列，把他反向互补一下然后再建树就可以了。如果反向互补完还在外群那你得考虑你的标准菌株的选择上是否得当。最好能把你这个菌进行嵌合子检查看是否是嵌合子！
刚才把你的序列进行了BLAST你的序列是个反向序列你把他反向互补就解决这个问题了！
赞一下(5人) 回复此楼
科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
2楼2009-04-16 23:34:42
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shinyjoy

铜虫 (小有名气)
★
junjun27(金币+1):谢谢参与
跟你类似处境，加油。。。
引用回帖:
Originally posted by junjun27 at 2009-4-16 21:06:
学环境的，筛到的菌测序结果拿到了，通过clustalx比对，mega软件做树，做出的树都很不好，我的未知菌株总是在最外围。想知道怎么解决。
或者奖20金币帮忙建立一个比较漂亮的系统发育树。
真的不甚感激，本专业的 ...

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3楼2009-04-17 01:28:32
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kingleo99

木虫 (小有名气)
你能把你的序列给我吗？我在建树这方面比较拿手，正好我们可以在这方面交流下，顺便赚取你那20金币！呵呵
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
4楼2009-04-18 22:26:54
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louyiceng

顶一下

★
junjun27(金币+1):谢谢参与
5楼2010-02-09 13:05:51
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1110rainjob

铜虫 (小有名气)
★
junjun27(金币+1):谢谢参与
问题已经解决了么？
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6楼2010-02-09 15:02:29
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yucheng9255

木虫 (著名写手)
★
junjun27(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by kingleo99 at 2009-04-16 23:34:42:
你的菌株有可能是一个反向序列，把他反向互补一下然后再建树就可以了。如果反向互补完还在外群那你得考虑你的标准菌株的选择上是否得当。最好能把你这个菌进行嵌合子检查看是否是嵌合子！
刚才把你的序列进行了B ...

我也BLAST了结果是16s RNA gene，怎么能看出这是一个反向序列呢？
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-02-09 15:15:26
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