24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 525  |  回复: 6
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 junjun27 的 14 个金币 ,回帖就立即获得 1 个金币,每人有 1 次机会

junjun27

[交流] 20金币求助:建立一系统发育树

学环境的,筛到的菌测序结果拿到了,通过clustalx比对,mega软件做树,做出的树都很不好,我的未知菌株总是在最外围。想知道怎么解决。
或者奖20金币帮忙建立一个比较漂亮的系统发育树。
真的不甚感激,本专业的都不大懂。。。。。。很郁闷啊

序列
cGACTTCACCCCAATCATCTGTCCCACCTTCGGCGGCTGGCTCCAAAAAGGTTACCTCACCGACTTCGGGTGTTACAAACTCTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCGGCATGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCACGCAGTCGAGTTGCAGACTGCGATCCGAACTGAGAACAGATTTGTGGGATTGGCTTAACCTCGCGGTTTCGCTGCCCTTTGTTCTGCCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCACCTTAGAGTGCCCAACTGAATGCTGGCAACTAAGATCAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCACTCTGCCCCCGAAGGGGACGTCCTATCTCTAGGATTGTCAGAGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGTCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTAATGCGTTAGCTGCAGCACTAAGGGGCGGAAACCCCCTAACACTTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGCTCCCCACGCTTTCGCTCCTCAGCGTCAGTTACAGACCAGAGAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCACATCTCTACGCATTTCACCGCTACACGTGGAATTCCACTCTCCTCTTCTGCACTCAAGTTCCCCAGTTTCCAATGACCCTCCCCGGTTGAGCCGGGGGCTTTCACATCAGACTTAAGAAACCGCCTGCGAGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGGTACCGTCAAGGTGCCGCCCTATTTGAACGGCACTTGTTCTTCCCTAACAACAGAGCTTTACGATCCGAAAACCTTCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCGGAGTTATCCCAGTCTTACAGGCAGGTTACCCACGTGTTACTCACCCGTCCGCCGCTAACATCAGGGAGCAAGCTCCCATCTGTCCGCTCGACTTGCATGTATAGc
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kingleo99

木虫 (小有名气)

★ ★
junjun27(金币+1):谢谢参与
junjun27(金币+1,VIP+0): 4-21 20:58
你的菌株有可能是一个反向序列,把他反向互补一下然后再建树就可以了。如果反向互补完还在外群那你得考虑你的标准菌株的选择上是否得当。最好能把你这个菌进行嵌合子检查看是否是嵌合子!
刚才把你的序列进行了BLAST你的序列是个反向序列你把他反向互补就解决这个问题了!
科学就是发现规律,而规律是上帝创造的,认识独一上帝就是智慧。
2楼2009-04-16 23:34:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shinyjoy

铜虫 (小有名气)


junjun27(金币+1):谢谢参与
跟你类似处境,加油。。。
引用回帖:
Originally posted by junjun27 at 2009-4-16 21:06:
学环境的,筛到的菌测序结果拿到了,通过clustalx比对,mega软件做树,做出的树都很不好,我的未知菌株总是在最外围。想知道怎么解决。
或者奖20金币帮忙建立一个比较漂亮的系统发育树。
真的不甚感激,本专业的 ...

3楼2009-04-17 01:28:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kingleo99

木虫 (小有名气)

你能把你的序列给我吗?我在建树这方面比较拿手,正好我们可以在这方面交流下,顺便赚取你那20金币!呵呵
科学就是发现规律,而规律是上帝创造的,认识独一上帝就是智慧。
4楼2009-04-18 22:26:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

顶一下


junjun27(金币+1):谢谢参与
5楼2010-02-09 13:05:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1110rainjob

铜虫 (小有名气)


junjun27(金币+1):谢谢参与
问题已经解决了么?
6楼2010-02-09 15:02:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yucheng9255

木虫 (著名写手)


junjun27(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by kingleo99 at 2009-04-16 23:34:42:
你的菌株有可能是一个反向序列,把他反向互补一下然后再建树就可以了。如果反向互补完还在外群那你得考虑你的标准菌株的选择上是否得当。最好能把你这个菌进行嵌合子检查看是否是嵌合子!
刚才把你的序列进行了B ...

我也BLAST了结果是16s RNA gene,怎么能看出这是一个反向序列呢?
7楼2010-02-09 15:15:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 junjun27 的主题更新
提示: 如果您在30分钟内回复过其他散金贴,则可能无法领取此贴金币
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见