24小时热门版块排行榜    

查看: 740  |  回复: 6
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 junjun27 的 14 个金币 ,回帖就立即获得 1 个金币,每人有 1 次机会

junjun27

[交流] 20金币求助:建立一系统发育树

学环境的,筛到的菌测序结果拿到了,通过clustalx比对,mega软件做树,做出的树都很不好,我的未知菌株总是在最外围。想知道怎么解决。
或者奖20金币帮忙建立一个比较漂亮的系统发育树。
真的不甚感激,本专业的都不大懂。。。。。。很郁闷啊

序列
cGACTTCACCCCAATCATCTGTCCCACCTTCGGCGGCTGGCTCCAAAAAGGTTACCTCACCGACTTCGGGTGTTACAAACTCTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCGGCATGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCACGCAGTCGAGTTGCAGACTGCGATCCGAACTGAGAACAGATTTGTGGGATTGGCTTAACCTCGCGGTTTCGCTGCCCTTTGTTCTGCCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCACCTTAGAGTGCCCAACTGAATGCTGGCAACTAAGATCAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCACTCTGCCCCCGAAGGGGACGTCCTATCTCTAGGATTGTCAGAGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGTCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTAATGCGTTAGCTGCAGCACTAAGGGGCGGAAACCCCCTAACACTTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGCTCCCCACGCTTTCGCTCCTCAGCGTCAGTTACAGACCAGAGAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCACATCTCTACGCATTTCACCGCTACACGTGGAATTCCACTCTCCTCTTCTGCACTCAAGTTCCCCAGTTTCCAATGACCCTCCCCGGTTGAGCCGGGGGCTTTCACATCAGACTTAAGAAACCGCCTGCGAGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGGTACCGTCAAGGTGCCGCCCTATTTGAACGGCACTTGTTCTTCCCTAACAACAGAGCTTTACGATCCGAAAACCTTCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCGGAGTTATCCCAGTCTTACAGGCAGGTTACCCACGTGTTACTCACCCGTCCGCCGCTAACATCAGGGAGCAAGCTCCCATCTGTCCGCTCGACTTGCATGTATAGc
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kingleo99

木虫 (小有名气)

★ ★
junjun27(金币+1):谢谢参与
junjun27(金币+1,VIP+0): 4-21 20:58
你的菌株有可能是一个反向序列,把他反向互补一下然后再建树就可以了。如果反向互补完还在外群那你得考虑你的标准菌株的选择上是否得当。最好能把你这个菌进行嵌合子检查看是否是嵌合子!
刚才把你的序列进行了BLAST你的序列是个反向序列你把他反向互补就解决这个问题了!
科学就是发现规律,而规律是上帝创造的,认识独一上帝就是智慧。
2楼2009-04-16 23:34:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shinyjoy

铜虫 (小有名气)


junjun27(金币+1):谢谢参与
跟你类似处境,加油。。。
引用回帖:
Originally posted by junjun27 at 2009-4-16 21:06:
学环境的,筛到的菌测序结果拿到了,通过clustalx比对,mega软件做树,做出的树都很不好,我的未知菌株总是在最外围。想知道怎么解决。
或者奖20金币帮忙建立一个比较漂亮的系统发育树。
真的不甚感激,本专业的 ...

3楼2009-04-17 01:28:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kingleo99

木虫 (小有名气)

你能把你的序列给我吗?我在建树这方面比较拿手,正好我们可以在这方面交流下,顺便赚取你那20金币!呵呵
科学就是发现规律,而规律是上帝创造的,认识独一上帝就是智慧。
4楼2009-04-18 22:26:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

顶一下


junjun27(金币+1):谢谢参与
5楼2010-02-09 13:05:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1110rainjob

铜虫 (小有名气)


junjun27(金币+1):谢谢参与
问题已经解决了么?
6楼2010-02-09 15:02:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yucheng9255

木虫 (著名写手)


junjun27(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by kingleo99 at 2009-04-16 23:34:42:
你的菌株有可能是一个反向序列,把他反向互补一下然后再建树就可以了。如果反向互补完还在外群那你得考虑你的标准菌株的选择上是否得当。最好能把你这个菌进行嵌合子检查看是否是嵌合子!
刚才把你的序列进行了B ...

我也BLAST了结果是16s RNA gene,怎么能看出这是一个反向序列呢?
7楼2010-02-09 15:15:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 junjun27 的主题更新
提示: 如果您在30分钟内回复过其他散金贴,则可能无法领取此贴金币
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 澳大利亚 Murdoch University 全奖博士招生(3个名额)地质化工冶金领域 +21 AI8RaGaPaSCR 2026-08-07 22/1100 2026-08-13 19:15 by GOa33HKKemiO
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 28/1400 2026-08-13 17:51 by 医学老男孩
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +4 majunge000 2026-08-11 6/300 2026-08-13 16:50 by 四季常青藤
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 11/550 2026-08-13 10:40 by ZH远山
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
信息提示
请填处理意见