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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 提不出DNA，菌液PCR也P不出
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含笑~

银虫 (正式写手)

[交流] 提不出DNA，菌液PCR也P不出

要鉴定8株菌（同一属），有7株菌液PCR都能P出16 S rDNA ，但有一株P不出来也提不出来DNA（加溶解酶跟SDS），大家能有什么好办法呢？
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1楼 2009-04-16 13:14:38
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zhaoy02007

银虫 (初入文坛)
菌液1ml，沸水煮30min～1h，离心上清做PCR模板，试一试吧。别看方法比较原始。提取细菌基因组DNA是很简单有效的。
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进化中没有失败的物种基因中没有无用的序列生物中没有长久的永恒
2楼2009-04-16 23:05:57
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含笑~

银虫 (正式写手)

回复zhaoy02007

我的操作是这样的：取菌液1.00mL,离心收集菌体，用100.00uL ddH2O重悬菌体，沸水浴15分钟，离心，取上清1.00uL做模板，没P出来，其它几个菌都P出了。难道是时间煮的不够吗？
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3楼2009-04-17 10:24:23
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小猫三两只

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhaoy02007 at 2009-4-16 23:05:
菌液1ml，沸水煮30min～1h，离心上清做PCR模板，试一试吧。别看方法比较原始。提取细菌基因组DNA是很简单有效的。

煮这么长时间,DNA不会受影响吗,另外,离心的转速多大,12000rpm?那样的话浓度不就很低了吗
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4楼2009-04-17 10:55:08
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gastrodia

金虫 (正式写手)
菌：细菌还是真菌啊，不同物种处理不一样的
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5楼2009-04-17 11:46:16
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含笑~

银虫 (正式写手)

回复gastrodia

厌氧古菌，都是产甲烷古菌，其它7个用同样的方法都能P出来，就有这么一个P不出，而这一个的生理特征是最特别的，另外，也试了很多种提取DNA的方法，这株菌始终提不出来。怎么办呢
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6楼2009-04-17 13:56:48
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ganchao1776

至尊木虫 (职业作家)
1楼的方法不行的话那可能是比这个菌比较特殊了，也可能是你前面的菌种鉴定有问题了，我的意思是可能跟你那7个菌不是一个属的了，你该考虑一下换引物了

另：有的时候模板太多了也批不出来的
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7楼2009-04-17 23:51:48
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zhangbo19861208

至尊木虫 (著名写手)
直接挑个菌放入PCR管就可以了
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多读书，多看报，少吃药
8楼2009-04-18 09:38:11
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tsingtao2008

木虫 (著名写手)

地球村村民
Primer pair to amplify the LSU rDNA D1-D2 region of all metazoa and cycling profile
Universal primers designed to amplify the D1-D2 region from all metazoa (LSU-D1-2-fw1：5`-AGCGGAGGAAAAGAAACT-3`, LSU-D1-2-rev1：5`-TACTAGAAGGTTCGATTAGTC-3`) were used to identify unknown organisms, whose PCR products was unavailable for analysis using primers mentioned above. Amplification program was essentially the same as that of Sonnenberg, Nolte and Tautz (2007), and a step of 95℃ for 5 min was included to activate Taq platinum when the polymerase was used.

Sonnenberg R, Nolte AW and Tautz D. 2007.An evaluation of LSU rDNA D1-D2 sequences for their use in species identification. Frontiers in Zoology 2007, 4:6. doi:10.1186/1742-9994-4-6.
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钱要流动，人要走动
9楼2009-04-18 12:38:27
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷
引用回帖:
Originally posted by ganchao1776 at 2009-4-17 23:51:
1楼的方法不行的话那可能是比这个菌比较特殊了，也可能是你前面的菌种鉴定有问题了，我的意思是可能跟你那7个菌不是一个属的了，你该考虑一下换引物了

另：有的时候模板太多了也批不出来的

很赞！
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Thank-you，so-blue.
10楼2009-04-18 12:52:37
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