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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 拿到DNA测序结果后怎么办？
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shinyjoy

铜虫 (小有名气)

[交流] 拿到DNA测序结果后怎么办？

最近再做菌群结构鉴定的实验
终于拿到了DNA测序结果，但下一步怎么对照是什么菌属的呢？

谢谢~~~~~~~~
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1楼 2009-04-10 11:58:00
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xutao

金虫 (著名写手)

第三军团总参谋
不懂，顶一下，学习中
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第三军团
2楼2009-04-10 12:14:53
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chuyinghao

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
shinyjoy(金币+2,VIP+0):对我这个菜鸟来说，答案再详细点更好，请详细解释下，送剩余金币，呵呵 4-10 14:30
ncbi上blast啊！
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3楼2009-04-10 12:25:28
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shinyjoy

铜虫 (小有名气)
可不可以详细点啊？
引用回帖:
Originally posted by chuyinghao at 2009-4-10 12:25:
ncbi上blast啊！

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4楼2009-04-10 14:28:26
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小猫三两只

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
shinyjoy(金币+3,VIP+0):谢谢 4-10 15:28
在百度上搜索NCBI,打开网页后,主页上有一个BLAST(比对),点击nucleotide blast
进入后将你的序列粘过去,直接分析就行了,可能会出现很多物种,找细菌的就行了
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5楼2009-04-10 14:54:26
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caroline1231

学习中 顶一下！
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6楼2009-04-10 15:00:30
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sunjq81

银虫 (小有名气)
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 点nucleotide blast 链接。输入序列后在database选择others。
然后开始比对，比对出来结果之后，然后根据出现的结果进行分析，如果均为同一个属，那就毫无疑问应该是该属，如果同时出现几个属，如果序列同源性相差比较大，取同源性高者，若相差不大就应该下载相应属的模式菌株序列(或可靠序列)构建发育树确定菌株的分类地位。
注意一般16S序列只能将菌株鉴定到属
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7楼2009-04-10 18:44:04
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
建议你用一个软件分析一下，比如DNASTAR，这个比较简单，打开序列后可以点击net search，直接登陆NCBI查找同源序列，将一致度高的序列全部列出，比较方便，可以试一下
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8楼2009-04-10 19:29:24
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shinyjoy

铜虫 (小有名气)
谢谢指教，不过金币被我提前发完了，囧
请回答我新的问题吧，也有金币，呵呵
同谢欣桐~~
引用回帖:
Originally posted by sunjq81 at 2009-4-10 18:44:
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 点nucleotide blast 链接。输入序列后在database选择others。
然后开始比对，比对出来结果之后，然后根据出现的结果进行分析，如果均为同一个属，那就毫无疑 ...

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9楼2009-04-17 00:58:09
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gastrodia

金虫 (正式写手)
拿到测序结果应该先把你序列中载体的序列去除，然后再去NCBIblast，
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10楼2009-04-17 11:48:31
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