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lijingrui

银虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助】Amber力场下，对NPT系综进行minimize后的结果处理

我应用tinker 的minimize程序进行分子动力学模拟，以下是部分输出结果：

Average Values for the last 100 out of    1600 Dynamics Steps

Simulation Time             1.6000 Picosecond
Total Energy             8988.7477 Kcal/mole (+/- 4.6955)
Potential Energy       4168.2478 Kcal/mole (+/-  35.2604)
Kinetic Energy          4820.5000 Kcal/mole (+/-  35.0714)
Intermolecular       -24461.3744 Kcal/mole (+/-  84.7607)
Temperature                300.87 Kelvin    (+/-    2.19)
Pressure                   123.55 Atmosphere  (+/- 947.83)
Density                   1.1797 Grams/cc (+/- 0.0002)

Instantaneous Values for Frame saved at    1600 Dynamics Steps

Current Time                1.6000 Picosecond
Current Potential       4210.9338 Kcal/mole
Lattice Lengths          36.8547    36.8547    36.8547
Lattice Angles             90.0000    90.0000    90.0000
Frame Number                   16
Coordinate File          emim-gly-md.016

我现在又几个问题想向您咨询一下，谢谢您！
1.我在进行计算时，利用NPT系综，设定的初始压强是1atm，但是最终结果却达到了  123.55 Atmosphere ，请问，这种情况正常吗？我应该怎样进行调整呢？
2. 我将现在跑出的结果与Gaussian 计算出的结果进行能量的比较时，我是应该应用Potential Energy 这一项呢？还是应用Intermolecular这一项？

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-22 at 13:18 ]

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