| 查看: 222 | 回复: 2 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[交流]
【求助】Amber力场下，对NPT系综进行minimize后的结果处理
|
|||
|
我应用tinker 的minimize程序进行分子动力学模拟，以下是部分输出结果： Average Values for the last 100 out of 1600 Dynamics Steps Simulation Time 1.6000 Picosecond Total Energy 8988.7477 Kcal/mole (+/- 4.6955) Potential Energy 4168.2478 Kcal/mole (+/- 35.2604) Kinetic Energy 4820.5000 Kcal/mole (+/- 35.0714) Intermolecular -24461.3744 Kcal/mole (+/- 84.7607) Temperature 300.87 Kelvin (+/- 2.19) Pressure 123.55 Atmosphere (+/- 947.83) Density 1.1797 Grams/cc (+/- 0.0002) Instantaneous Values for Frame saved at 1600 Dynamics Steps Current Time 1.6000 Picosecond Current Potential 4210.9338 Kcal/mole Lattice Lengths 36.8547 36.8547 36.8547 Lattice Angles 90.0000 90.0000 90.0000 Frame Number 16 Coordinate File emim-gly-md.016 我现在又几个问题想向您咨询一下，谢谢您！ 1.我在进行计算时，利用NPT系综，设定的初始压强是1atm，但是最终结果却达到了 123.55 Atmosphere ，请问，这种情况正常吗？我应该怎样进行调整呢？ 2. 我将现在跑出的结果与Gaussian 计算出的结果进行能量的比较时，我是应该应用Potential Energy 这一项呢？还是应用Intermolecular这一项？ [ Last edited by zdhlover on 2009-11-22 at 13:18 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有6人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有6人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有7人回复
-
真诚求助：手里的省社科项目结项要求主持人一篇中文核心，有什么渠道能发核心吗
已经有8人回复
-
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件
已经有5人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有4人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
-
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
2楼2009-04-10 11:33:41
3楼2009-04-10 13:45:39