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【求助】Amber力场下，对NPT系综进行minimize后的结果处理
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我应用tinker 的minimize程序进行分子动力学模拟，以下是部分输出结果： Average Values for the last 100 out of 1600 Dynamics Steps Simulation Time 1.6000 Picosecond Total Energy 8988.7477 Kcal/mole (+/- 4.6955) Potential Energy 4168.2478 Kcal/mole (+/- 35.2604) Kinetic Energy 4820.5000 Kcal/mole (+/- 35.0714) Intermolecular -24461.3744 Kcal/mole (+/- 84.7607) Temperature 300.87 Kelvin (+/- 2.19) Pressure 123.55 Atmosphere (+/- 947.83) Density 1.1797 Grams/cc (+/- 0.0002) Instantaneous Values for Frame saved at 1600 Dynamics Steps Current Time 1.6000 Picosecond Current Potential 4210.9338 Kcal/mole Lattice Lengths 36.8547 36.8547 36.8547 Lattice Angles 90.0000 90.0000 90.0000 Frame Number 16 Coordinate File emim-gly-md.016 我现在又几个问题想向您咨询一下，谢谢您！ 1.我在进行计算时，利用NPT系综，设定的初始压强是1atm，但是最终结果却达到了 123.55 Atmosphere ，请问，这种情况正常吗？我应该怎样进行调整呢？ 2. 我将现在跑出的结果与Gaussian 计算出的结果进行能量的比较时，我是应该应用Potential Energy 这一项呢？还是应用Intermolecular这一项？ [ Last edited by zdhlover on 2009-11-22 at 13:18 ] |
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