24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 630  |  回复: 10
当前主题已经存档。

haru007

木虫 (著名写手)

[交流] 求助,氢键列表问题

请问在添加氢键列表时,怎么找原子的对称代码?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xi2004

至尊木虫 (职业作家)


洛阳学子(金币+1,VIP+0):谢谢!能否给出链接? 4-10 20:32
参见拙作.
仍有不解之处可问我.
xi2004-emuch@163.com
2楼2009-04-10 10:19:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)


waiy2001(金币+1,VIP+0): 4-10 12:17
在XP里找啊。用envi可以看到和其配位的原子的对称代码。
3楼2009-04-10 11:29:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxiaojjie

木虫 (著名写手)

编辑INS 在LIST里有
4楼2009-04-10 12:46:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haru007

木虫 (著名写手)

请问XI2004
我在ins中加HTAB后lst中出现
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
N3-H3B         0.755    2.311   162.99    3.041    O9 [ x-1, y-1, z ]
N3-H3B         0.755    2.567   131.76    3.121    O14 [ x-1, y-1, z ]
N4-H4E         0.788    2.214   162.13    2.974    O14 [ x-1, y-1, z ]

然后在ins中加
EQIV $1 x-1, y-1, z
HTAB N3 O9_$1
HTAB N3 O14_$1
HTAB N4 O14_$1
计算后lst中出现

Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H          H...A        D...A        <(DHA)

** No suitable H-bond found for N3...O9_$1 = 3.041(3) A **
** No suitable H-bond found for N3...O14_$1 = 3.121(3) A **
  0.79(4)      2.21(4)      2.974(3)     162(4)       N4-H4E...O14_$1

请问这是什么原因?
5楼2009-04-10 13:55:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xi2004

至尊木虫 (职业作家)


洛阳学子(金币+1,VIP+0):谢谢您对晶体版的支持 4-10 20:33
看看H3B是不是被修飞了.

如果不是, 试着去掉 HTAB N3 O14_$1
xi2004-emuch@163.com
6楼2009-04-10 16:05:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haru007

木虫 (著名写手)

H3B没被修飞

xi2004老师,要不我把结构发给你你帮我看看吧?

[ Last edited by haru007 on 2009-4-12 at 14:21 ]
7楼2009-04-10 18:59:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)


waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢 4-11 17:44
引用回帖:
Originally posted by haru007 at 2009-4-10 13:55:
EQIV $1 x-1, y-1, z
HTAB N3 O9_$1
HTAB N3 O14_$1
HTAB N4 O14_$1

系统本身就指认了一些$  所以最好不要随意的eqiv
8楼2009-04-10 20:12:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xi2004

至尊木虫 (职业作家)


paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢你来帮助大家,能不能帮我个忙,处理个无序呀,谢谢 4-11 18:03
引用回帖:
Originally posted by haru007 at 2009-4-10 18:59:
H3B没被修飞

xi2004老师,吧、要不我把结构发给你你帮我看看吧?

9楼2009-04-10 21:52:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xi2004

至尊木虫 (职业作家)

问题解决了, 见给你的e-mail附件.

主要是你要在xp中用sort , 然后sort $v $o $n $c , 使氢排在各自的母原子后面.
就可以了.

另外, 我感觉你的VO 簇离其他阳离子稍远了, 所以移了一下, 这样我给你的新的.ins中的eqiv是重新产生的.
不过似乎还是远了, 或许 VO 簇可以整体再移动一下.

还有, 不太赞同你所有的氢都修正, 不是很必要.

如还需要帮助,请告知
xi2004-emuch@163.com
10楼2009-04-12 09:22:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 haru007 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 304求调剂(085602,过四级,一志愿985) +14 化工人999 2026-04-04 14/700 2026-04-05 13:55 by imissbao
[考研] 367求调剂 +3 谢28 2026-03-30 3/150 2026-04-05 13:27 by huangmoli
[考研] 301求调剂 +12 121. 2026-04-04 12/600 2026-04-05 09:00 by 来看流星雨10
[考研] 085602调剂 初试总分335 +12 19123253302 2026-04-04 12/600 2026-04-05 08:08 by 544594351
[考研] 材料与化工306分找调剂 +12 沧海轻舟e 2026-04-03 13/650 2026-04-04 23:45 by lqwchd
[考研] 数二 英语一,求调剂,本科学校福建农林大学 +3 五峰尖 2026-03-29 3/150 2026-04-04 23:10 by zhyzzh
[考研] 086000生物与医药298调剂求助 +6 元元青青 2026-03-31 8/400 2026-04-04 22:15 by lys0704
[考研] 材料专硕306英一数二 +8 z1z2z3879 2026-03-31 8/400 2026-04-04 22:08 by hemengdong
[考研] 316求调剂 +9 墨辰_Orion926 2026-04-04 9/450 2026-04-04 21:35 by lbsjt
[考研] 一志愿安徽某211 0703化学总分339求调剂 +6 晚风不晚 2026-04-04 6/300 2026-04-04 20:11 by dongzh2009
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +12 洛神哥哥 2026-04-03 12/600 2026-04-04 09:22 by 有机小民工
[考研] 化工求调剂 +11 荔香芝士椰奶 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:06 by 啵啵啵0119
[考研] 土木水利328分求调剂 +6 疾风知劲草666 2026-04-02 6/300 2026-04-03 11:38 by znian
[考研] 一志愿安徽大学0817化学工程与技术,求调剂 +14 我不是只因 2026-04-02 15/750 2026-04-03 09:49 by 蓝云思雨
[考研] 0856初试324分求调剂 +6 想上学求调 2026-04-01 6/300 2026-04-02 11:42 by 星空星月
[考研] 080200学硕,机械工程专业277分,求带走! +4 瓶子PZ 2026-03-31 4/200 2026-03-31 20:16 by vgtyfty
[考研] 考研调剂求助 +7 13287130938 2026-03-31 7/350 2026-03-31 16:39 by 690616278
[考博] 材料专业申博 +5 杜雨婷dyt 2026-03-29 5/250 2026-03-31 11:19 by oooqiao
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
[考研] 调剂 +4 GK72 2026-03-30 4/200 2026-03-30 20:32 by dick_runner
信息提示
请填处理意见