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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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haru007

木虫 (著名写手)

[交流] 求助,氢键列表问题

请问在添加氢键列表时,怎么找原子的对称代码?
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


洛阳学子(金币+1,VIP+0):谢谢!能否给出链接? 4-10 20:32
参见拙作.
仍有不解之处可问我.
xi2004-emuch@163.com
2楼2009-04-10 10:19:24
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)


waiy2001(金币+1,VIP+0): 4-10 12:17
在XP里找啊。用envi可以看到和其配位的原子的对称代码。
3楼2009-04-10 11:29:35
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xxiaojjie

木虫 (著名写手)

编辑INS 在LIST里有
4楼2009-04-10 12:46:31
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haru007

木虫 (著名写手)

请问XI2004
我在ins中加HTAB后lst中出现
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
N3-H3B         0.755    2.311   162.99    3.041    O9 [ x-1, y-1, z ]
N3-H3B         0.755    2.567   131.76    3.121    O14 [ x-1, y-1, z ]
N4-H4E         0.788    2.214   162.13    2.974    O14 [ x-1, y-1, z ]

然后在ins中加
EQIV $1 x-1, y-1, z
HTAB N3 O9_$1
HTAB N3 O14_$1
HTAB N4 O14_$1
计算后lst中出现

Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H          H...A        D...A        <(DHA)

** No suitable H-bond found for N3...O9_$1 = 3.041(3) A **
** No suitable H-bond found for N3...O14_$1 = 3.121(3) A **
  0.79(4)      2.21(4)      2.974(3)     162(4)       N4-H4E...O14_$1

请问这是什么原因?
5楼2009-04-10 13:55:05
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


洛阳学子(金币+1,VIP+0):谢谢您对晶体版的支持 4-10 20:33
看看H3B是不是被修飞了.

如果不是, 试着去掉 HTAB N3 O14_$1
xi2004-emuch@163.com
6楼2009-04-10 16:05:26
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haru007

木虫 (著名写手)

H3B没被修飞

xi2004老师,要不我把结构发给你你帮我看看吧?

[ Last edited by haru007 on 2009-4-12 at 14:21 ]
7楼2009-04-10 18:59:24
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)


waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢 4-11 17:44
引用回帖:
Originally posted by haru007 at 2009-4-10 13:55:
EQIV $1 x-1, y-1, z
HTAB N3 O9_$1
HTAB N3 O14_$1
HTAB N4 O14_$1

系统本身就指认了一些$  所以最好不要随意的eqiv
8楼2009-04-10 20:12:57
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢你来帮助大家,能不能帮我个忙,处理个无序呀,谢谢 4-11 18:03
引用回帖:
Originally posted by haru007 at 2009-4-10 18:59:
H3B没被修飞

xi2004老师,吧、要不我把结构发给你你帮我看看吧?

9楼2009-04-10 21:52:57
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

问题解决了, 见给你的e-mail附件.

主要是你要在xp中用sort , 然后sort $v $o $n $c , 使氢排在各自的母原子后面.
就可以了.

另外, 我感觉你的VO 簇离其他阳离子稍远了, 所以移了一下, 这样我给你的新的.ins中的eqiv是重新产生的.
不过似乎还是远了, 或许 VO 簇可以整体再移动一下.

还有, 不太赞同你所有的氢都修正, 不是很必要.

如还需要帮助,请告知
xi2004-emuch@163.com
10楼2009-04-12 09:22:52
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