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v2zs

新虫 (小有名气)

[求助] 关于基因转移获取目的基因的相关实验 已有1人参与

小弟有关于基因连接质粒的问题想请教各位老师

我的实验的大体流程是这样的,想进行质粒转染到目的肿瘤细胞,使希望的基因获得高表达。质粒为pFLAG-CMV-6a,并已经设计好了需扩增基因的引物序列和酶切位点,但是使用以前之前有的cDNA文库进行目的基因扩增,然后琼脂糖电泳并未跑出目的条带,所以想采用别的cDNA序列进行扩增。

因为我目前没有其他的cDNA文库,不知道我以下想法可行吗,

1)收集同种肿瘤细胞,提取总RNA

2)采用随机6引物,以总RNA为模板用Superscript III的试剂盒进行逆转录成第一链cDNA

3)以第一链cDNA为模板,利用已经合成的引物进行PCR,然后进行琼脂糖电泳,查看能否扩增出需要的目的基因

4)如有扩增出目的基因,然后进行后续的质粒连接反应等一系列实验


请教各位老师,不知道我的这种想法可行吗
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Marc-Zhong

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
理论上我觉得可以操作,但是可以试下优化下。
1. 你确定你的肿瘤细胞里目的基因是有表达,或者尝试找另外来源高表达的细胞/组织
2. 我觉得也可以用特异引物做反转录
3. 也可以尝试自己合成cDNA
2楼2018-09-19 10:38:04
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v2zs

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Marc-Zhong at 2018-09-19 10:38:04
理论上我觉得可以操作,但是可以试下优化下。
1. 你确定你的肿瘤细胞里目的基因是有表达,或者尝试找另外来源高表达的细胞/组织
2. 我觉得也可以用特异引物做反转录
3. 也可以尝试自己合成cDNA

1.特异性引物做反转录
2.随机引物做反转录,然后特异性引物做PCR

这两个有什么区别吗
3楼2018-09-19 17:15:29
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Marc-Zhong

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by v2zs at 2018-09-19 17:15:29
1.特异性引物做反转录
2.随机引物做反转录,然后特异性引物做PCR

这两个有什么区别吗...

用特异性引物做反转录,会直接得到你后续实验的模板,但是可能很难反转录或者不成功;我个人建议是先用特异引物反转录试下,如果不行就改用随机引物。
4楼2018-09-20 11:07:57
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v2zs

新虫 (小有名气)

各位老师,后来我逆转录的cDNA做了一遍PCR,选择了两个退火温度,一个是55度,一个是52度。同时为了检测转录cDNA是否问题,同时扩增b-actin

最左边第一泳道是DNA marker 1kb,最下面的一条是500bp的位置,目的基金是596bp

第二泳道是细胞不加刺激剂的cDNA,退火温度 55度,扩增目的基因

第三泳道是细胞加刺激剂的cDNA,退火温度 55度,扩增目的基因

第四泳道是细胞不加刺激剂的cDNA,退火温度55度,扩增b-actin,检验是否成功由总RNA逆转录为cDNA

第五泳道是细胞加刺激剂的cDNA,退火温度55度,扩增b-actin,检验是否成功由总RNA逆转录为cDNA

第六泳道是细胞不加刺激剂的cDNA,退火温度 52度,扩增目的基因

第七泳道是细胞加刺激剂的cDNA,退火温度 52度,扩增目的基因

第八泳道是细胞不加刺激剂的cDNA,退火温度52度,扩增b-actin,检验是否成功由总RNA逆转录为cDNA

第九泳道是细胞加刺激剂的cDNA,退火温度52度,扩增b-actin,检验是否成功由总RNA逆转录为cDNA

第一泳道的条带基本是590多bp,可以显示是目的基因。



今天为了重复一遍这个PCR扩增条件,同样的条件及反应体系,今天的PCR扩增后连一点条带都没有,请问这有可能是什么原因,为什么有时能扩增出来,有时就扩增不出来

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5楼2018-09-25 16:04:41
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