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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】新手求助，MD细节问题
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云海孤鸿

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】新手求助，MD细节问题

给位能不能帮我解释下下面这段话，我实在是看不懂
关键是对我做优化和Dynamuics（NPT,NVT）过程中参数的设制有什么指导意义？

模拟时应用两体有效势能近似、 最小镜像
准则等基本假设， 模拟过程中采用立方周期性边界条件 ，
位能截断采用球形截去法， 截断半径为半个盒子的边长，
截断距离之外 的粒子间相互作用 能采用长程校正法进行校正，
长程静电相互作用力采用 E w a l d加和法计算。
采用 S HA K E算法固定水分子的几何构形 ，
用蛙跳算法求解体系的运动方程。
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1楼 2009-04-07 09:11:08
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云海孤鸿

铜虫 (小有名气)
果然是高手，一看就懂，呵呵
如果能解释得更详细点我将万分感激
为什么我找不到设置这些参数的位子呀
就用过Discover（动力学）和Amorphous Cell（建盒子和优化）
听说过inp文件，可是不知道在哪里，也就谈不上修改
请问能详细解释上面这段话的操作步骤么?
还有如果把水改成甲醇哪些方面可能有变化？
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3楼2009-04-07 10:00:39
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zxzj05(金币+3,VIP+0):3Q！ 期待更多讨论！ 4-7 09:56
盒子的a=b=c=固定值，角度=90度
cutoff=a/2
有长程校正
库仑力使用ewald
constraint = shake
牛顿方程解法使用leapfrog

如果想用discover计算，用inp文件一对比修改就可以了
不过这个很多ms里面没有，但是有类似的方法
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2009-04-07 09:35:01
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
云海孤鸿(金币+20,VIP+0):谢谢指教！ 4-7 15:27
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q！ 期待更多讨论！ 4-7 20:50
盒子大小AC建模时输入
cutoff在discover的setup那有，ms是按精度分的，也可以自己设，范德华力和库伦力也在那设置。
周期性边界默认长程校正
水的话使用rattle限制键
ms的牛顿方程用的是Velocity Verlet，不用设
甲醇一般来说不用做限制，其他同上。对键做限制计算会快一些，但不是任何体系都能做限制
赞一下(15人) 回复此楼
4楼2009-04-07 13:37:05
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