24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 436  |  回复: 3
当前主题已经存档。

云海孤鸿

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】新手求助,MD细节问题

给位能不能帮我解释下下面这段话,我实在是看不懂
关键是对我做优化和Dynamuics(NPT,NVT)过程中参数的设制有什么指导意义?

模拟时应用两体有效势能近似、 最小镜像
准则等基本假设, 模拟过程中采用立方周期性边界条件 ,
位能截断采用球形截去法, 截断半径为半个盒子的边长,
截断距离之外 的粒子间相互作用 能采用长程校正法进行校正,
长程静电相互作用力采用 E w a l d加和法计算。
采用 S HA K E算法固定水分子的几何构形 ,
用蛙跳算法求解体系的运动方程。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
zxzj05(金币+3,VIP+0):3Q! 期待更多讨论! 4-7 09:56
盒子的a=b=c=固定值,角度=90度
cutoff=a/2
有长程校正
库仑力使用ewald
constraint = shake
牛顿方程解法使用leapfrog

如果想用discover计算,用inp文件一对比修改就可以了
不过这个很多ms里面没有,但是有类似的方法
2楼2009-04-07 09:35:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

云海孤鸿

铜虫 (小有名气)

果然是高手,一看就懂,呵呵
如果能解释得更详细点我将万分感激
为什么我找不到设置这些参数的位子呀
就用过Discover(动力学)和Amorphous Cell(建盒子和优化)
听说过inp文件,可是不知道在哪里,也就谈不上修改
请问能详细解释上面这段话的操作步骤么?
还有如果把水改成甲醇哪些方面可能有变化?
3楼2009-04-07 10:00:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
云海孤鸿(金币+20,VIP+0):谢谢指教! 4-7 15:27
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q! 期待更多讨论! 4-7 20:50
盒子大小AC建模时输入
cutoff在discover的setup那有,ms是按精度分的,也可以自己设,范德华力和库伦力也在那设置。
周期性边界默认长程校正
水的话使用rattle限制键
ms的牛顿方程用的是Velocity Verlet,不用设
甲醇一般来说不用做限制,其他同上。对键做限制计算会快一些,但不是任何体系都能做限制
4楼2009-04-07 13:37:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 云海孤鸿 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见