24小时热门版块排行榜

返回列表

当前主题已经存档。

云海孤鸿

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 37.5
帖子: 300
在线: 111.3小时
虫号: 441186
注册: 2007-10-27
性别: GG
专业: 分离过程

[交流] 【求助】新手求助，MD细节问题

给位能不能帮我解释下下面这段话，我实在是看不懂
关键是对我做优化和Dynamuics（NPT,NVT）过程中参数的设制有什么指导意义？

模拟时应用两体有效势能近似、最小镜像
准则等基本假设，模拟过程中采用立方周期性边界条件，
位能截断采用球形截去法，截断半径为半个盒子的边长，
截断距离之外的粒子间相互作用能采用长程校正法进行校正，
长程静电相互作用力采用 E w a l d加和法计算。
采用 S HA K E算法固定水分子的几何构形，
用蛙跳算法求解体系的运动方程。

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

1楼 2009-04-07 09:11:08

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)

应助: 0 (幼儿园)
贵宾: 2.634
金币: 3221.8
红花: 6
帖子: 2009
在线: 130.3小时
虫号: 239620
注册: 2006-04-07

★ ★ ★
zxzj05(金币+3,VIP+0):3Q！期待更多讨论！ 4-7 09:56

盒子的a=b=c=固定值，角度=90度
cutoff=a/2
有长程校正
库仑力使用ewald
constraint = shake
牛顿方程解法使用leapfrog

如果想用discover计算，用inp文件一对比修改就可以了
不过这个很多ms里面没有，但是有类似的方法

赞一下(10人)

回复此楼

2楼2009-04-07 09:35:01

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

云海孤鸿

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 37.5
帖子: 300
在线: 111.3小时
虫号: 441186
注册: 2007-10-27
性别: GG
专业: 分离过程

果然是高手，一看就懂，呵呵
如果能解释得更详细点我将万分感激
为什么我找不到设置这些参数的位子呀
就用过Discover（动力学）和Amorphous Cell（建盒子和优化）
听说过inp文件，可是不知道在哪里，也就谈不上修改
请问能详细解释上面这段话的操作步骤么?
还有如果把水改成甲醇哪些方面可能有变化？

赞一下

回复此楼

3楼2009-04-07 10:00:39

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)

应助: 0 (幼儿园)
贵宾: 2.634
金币: 3221.8
红花: 6
帖子: 2009
在线: 130.3小时
虫号: 239620
注册: 2006-04-07

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
云海孤鸿(金币+20,VIP+0):谢谢指教！ 4-7 15:27
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q！期待更多讨论！ 4-7 20:50

盒子大小AC建模时输入
cutoff在discover的setup那有，ms是按精度分的，也可以自己设，范德华力和库伦力也在那设置。
周期性边界默认长程校正
水的话使用rattle限制键
ms的牛顿方程用的是Velocity Verlet，不用设
甲醇一般来说不用做限制，其他同上。对键做限制计算会快一些，但不是任何体系都能做限制

赞一下(15人)

回复此楼

4楼2009-04-07 13:37:05

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主云海孤鸿的主题更新

返回列表