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小噬魅

新虫 (初入文坛)

[求助] 知道基因CDS序列,怎么设计全长引物扩增全长序列已有3人参与

有CDS序列,想得到全长,怎么设计引物?该怎么做

@biostar2009 @youlinglyw @wizardfan @飞约疯人院 发自小木虫Android客户端
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bio转录组

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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如果想要得到全场,需要做一个RACE,一个5‘RACE,一个3'RACE,一般3'段比较容易,5'端需要做几次。模板是特定的RACE模板
生活活生生累死
5楼2018-09-11 10:39:50
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党

【答案】应助回帖


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小噬魅(渊博震天代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-09-11 15:53:58
查找全序啊。
如果没有intron,很好,可以直接使用提取的总DNA进行扩增,,,
如果有intron,那也简单,提取mRNA,然后做个RT-PCR好了。
引物设计,NCBI的primer blast了解一下,扩增产物长度设定为全长就ok
:cat59:
2楼2018-09-09 09:28:30
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党

嘿嘿,表情输入是这个


---强迫症发作
3楼2018-09-09 09:30:14
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Huobol

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小噬魅(渊博震天代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-09-11 15:54:14
知道cDNA序列,也就是知道了ATG到终止子TAA或TAG或TGA的序列(真核),直接从两头数20几个碱基好了,通过工具验证上下游引物的退火温度差不多即可(55℃~65℃都行),只要PCR能P出目的带就说明引物没问题,有杂带就胶回收,换句话说,引物设计不必太完美。

另外,如果知道两端的UTR区,也完全可以在UTR区设计引物。PCR时以RNA反转录的cDNA为模板(真核)。
让羽毛再飞一会儿
4楼2018-09-11 09:55:12
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