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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 知道基因CDS序列，怎么设计全长引物扩增全长序列
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小噬魅

新虫 (初入文坛)

[求助] 知道基因CDS序列，怎么设计全长引物扩增全长序列 已有3人参与

有CDS序列，想得到全长，怎么设计引物？该怎么做

@biostar2009 @youlinglyw @wizardfan @飞约疯人院 发自小木虫Android客户端
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1楼 2018-09-09 06:43:18
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党
嘿嘿，表情输入是这个


---强迫症发作
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3楼2018-09-09 09:30:14
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小噬魅(渊博震天代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-09-11 15:53:58
查找全序啊。
如果没有intron，很好，可以直接使用提取的总DNA进行扩增，，，
如果有intron，那也简单，提取mRNA，然后做个RT-PCR好了。
引物设计，NCBI的primer blast了解一下，扩增产物长度设定为全长就ok
:cat59:
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2楼2018-09-09 09:28:30
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Huobol

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
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小噬魅(渊博震天代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-09-11 15:54:14
知道cDNA序列，也就是知道了ATG到终止子TAA或TAG或TGA的序列（真核），直接从两头数20几个碱基好了，通过工具验证上下游引物的退火温度差不多即可（55℃~65℃都行），只要PCR能P出目的带就说明引物没问题，有杂带就胶回收，换句话说，引物设计不必太完美。

另外，如果知道两端的UTR区，也完全可以在UTR区设计引物。PCR时以RNA反转录的cDNA为模板（真核）。
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让羽毛再飞一会儿
4楼2018-09-11 09:55:12
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bio转录组

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果想要得到全场，需要做一个RACE，一个5‘RACE，一个3'RACE，一般3'段比较容易，5'端需要做几次。模板是特定的RACE模板
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生活活生生累死
5楼2018-09-11 10:39:50
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