| 查看: 3073 | 回复: 8 | ||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者15702449008将赠送您 30 个金币 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
15702449008铜虫 (小有名气)
|
[求助]
VASP-DFPT &phonopy 计算，处理数据时报错
|
|
|
本人刚学vasp，纯新手，想用VASP-DFPT & phonopy 方法跑个声子谱，先用石墨烯做个测试，扩了4*4*1的胞，通过vasp计算后得到FORCE_CONSTANTS， 然后运行命令：phonopy --dim="4 4 1" -c POSCAR-unitcell band.conf 就会出现报错，请大佬们帮忙瞅一眼。 Creating primitive cell is failed. PRIMITIVE_AXIS may be incorrectly specified. Traceback (most recent call last): File "/home/yxmin/software/anaconda3/bin/phonopy", line 4, in <module> __import__('pkg_resources').run_script('phonopy==1.13.2.107', 'phonopy') File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 658, in run_script self.require(requires)[0].run_script(script_name, ns) File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 1438, in run_script exec(code, namespace, namespace) File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/EGG-INFO/scripts/phonopy", line 469, in <module> log_level=log_level) File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/phonopy/api_phonopy.py", line 109, in __init__ self._build_primitive_cell() File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/phonopy/api_phonopy.py", line 1487, in _build_primitive_cell self._supercell, trans_mat, self._symprec) File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/phonopy/structure/cells.py", line 48, in get_primitive return Primitive(supercell, primitive_frame, symprec=symprec) File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/phonopy/structure/cells.py", line 301, in __init__ self._primitive_cell(supercell) File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/phonopy/structure/cells.py", line 340, in _primitive_cell raise ValueError ValueError band.conf文件设置如下： ATOM_NAME = C DIM = 4 4 1 PRIMITIVE_AXIS= 0.25 0.0 0.0 0.0 0.25 0.0 0.0 0.0 1.0 BAND = 0.0 0.0 0.0 0.08333333 0.08333333 0.0 0.125 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 FORCE_CONSTANTS = READ 报错信息是由于PRIMITIVE_AXIS的参数设置引起的，如果删除这个参数的话，能出结果，但是画出来的声子谱和文献中的不一样。  图丑，不忍直视 POSCAR-unitcell： graphene 1.00 2.4673063800000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 -1.2336531900000000 2.1367500000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 20.0000000000000000 C 2 Direct 0.33333333 0.66666667 0.50000000 0.66666667 0.33333333 0.50000000 |
回复此楼» 猜你喜欢
数理口函评了吗？多大比例呀
已经有20人回复
-
再谈一作和二作
已经有24人回复
-
齿球形催化剂的尺寸
已经有5人回复
-
面上项目代表作必须有通讯作者文章吗？
已经有32人回复
-
或许不关于爱情的
已经有56人回复
-
学生家长私下联系老师修改成绩不成，唆使19名学生联名要求复核成绩
已经有8人回复
-
河南工业大学过年开学后，就不让用国基金报账，这合法合规吗？
已经有27人回复
-
基金委治打招呼顽疾越治越严重
已经有26人回复
-
相比过去，现在高校导师水平越来越高(可见招聘条件)，研究生越来越差
已经有10人回复
-
投稿竟然倒在了Scientific Reports上。
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
15702449008
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 155.5
- 帖子: 56
- 在线: 50小时
- 虫号: 4806703
- 注册: 2016-06-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
送红花一朵
8楼2018-09-05 18:06:55
漫天飘雪
版主 (知名作家)
认真做事，踏实做人
- 1ST强帖: 1
- 应助: 359 (硕士)
- 贵宾: 0.108
- 金币: 20253.9
- 散金: 13021
- 红花: 391
- 沙发: 2
- 帖子: 5739
- 在线: 2254.3小时
- 虫号: 914852
- 注册: 2009-11-27
- 性别: GG
- 专业: 材料物理化学
- 管辖: 第一性原理
2楼2018-09-04 15:45:15
15702449008
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 155.5
- 帖子: 56
- 在线: 50小时
- 虫号: 4806703
- 注册: 2016-06-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2018-09-05 08:46:59
15702449008
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 155.5
- 帖子: 56
- 在线: 50小时
- 虫号: 4806703
- 注册: 2016-06-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2018-09-05 09:23:46
100