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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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15702449008

铜虫 (小有名气)

[求助] VASP-DFPT &phonopy 计算，处理数据时报错

本人刚学vasp，纯新手，想用VASP-DFPT & phonopy 方法跑个声子谱，先用石墨烯做个测试，扩了4*4*1的胞，通过vasp计算后得到FORCE_CONSTANTS，
然后运行命令：phonopy --dim="4 4 1" -c POSCAR-unitcell band.conf 就会出现报错，请大佬们帮忙瞅一眼。
Creating primitive cell is failed.
PRIMITIVE_AXIS may be incorrectly specified.
Traceback (most recent call last):
  File "/home/yxmin/software/anaconda3/bin/phonopy", line 4, in <module>
    __import__('pkg_resources').run_script('phonopy==1.13.2.107', 'phonopy')
  File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 658, in run_script
    self.require(requires)[0].run_script(script_name, ns)
  File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 1438, in run_script
    exec(code, namespace, namespace)
  File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/EGG-INFO/scripts/phonopy", line 469, in <module>
    log_level=log_level)
  File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/phonopy/api_phonopy.py", line 109, in __init__
    self._build_primitive_cell()
  File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/phonopy/api_phonopy.py", line 1487, in _build_primitive_cell
    self._supercell, trans_mat, self._symprec)
  File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/phonopy/structure/cells.py", line 48, in get_primitive
    return Primitive(supercell, primitive_frame, symprec=symprec)
  File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/phonopy/structure/cells.py", line 301, in __init__
    self._primitive_cell(supercell)
  File "/home/yxmin/software/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phonopy-1.13.2.107-py3.6-linux-x86_64.egg/phonopy/structure/cells.py", line 340, in _primitive_cell
    raise ValueError
ValueError

band.conf文件设置如下：
ATOM_NAME = C
DIM = 4 4 1
PRIMITIVE_AXIS= 0.25 0.0 0.0 0.0 0.25 0.0 0.0 0.0 1.0
BAND = 0.0 0.0 0.0 0.08333333 0.08333333 0.0 0.125 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
FORCE_CONSTANTS = READ

报错信息是由于PRIMITIVE_AXIS的参数设置引起的，如果删除这个参数的话，能出结果，但是画出来的声子谱和文献中的不一样。
VASP-DFPT &amp;phonopy 计算，处理数据时报错
图丑，不忍直视

POSCAR-unitcell：
graphene
   1.00
     2.4673063800000000    0.0000000000000000    0.0000000000000000
    -1.2336531900000000    2.1367500000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000   20.0000000000000000
   C
   2
Direct
0.33333333 0.66666667 0.50000000
0.66666667 0.33333333 0.50000000
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1楼2018-09-04 15:26:52
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人
BAND = 0.0 0.0 0.0 0.08333333 0.08333333 0.0 0.125 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
路径都错了
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http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
2楼2018-09-04 15:45:15
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15702449008

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2018-09-04 15:45:15
BAND = 0.0 0.0 0.0 0.08333333 0.08333333 0.0 0.125 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
路径都错了

额确实和MS提供的路径不一样，我是按照以前的帖子来做的，原贴：http://muchong.com/t-8503127-1
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3楼2018-09-05 08:46:59
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15702449008

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2018-09-04 15:45:15
BAND = 0.0 0.0 0.0 0.08333333 0.08333333 0.0 0.125 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
路径都错了

额我改了路径后就能做出石墨烯的声子谱了（没加PRIMITIVE_AXIS），但是加了这个参数PRIMITIVE_AXIS，仍然会报错
BAND = 0.0 0.0 0.0 0.333 0.333 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
VASP-DFPT &amp;phonopy 计算，处理数据时报错-1
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4楼2018-09-05 09:23:46
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人
引用回帖:
4楼: Originally posted by 15702449008 at 2018-09-05 09:23:46
额我改了路径后就能做出石墨烯的声子谱了（没加PRIMITIVE_AXIS），但是加了这个参数PRIMITIVE_AXIS，仍然会报错
BAND = 0.0 0.0 0.0 0.333 0.333 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
...

不要加
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15702449008
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
5楼2018-09-05 11:01:44
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15702449008

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2018-09-05 11:01:44
不要加...

但是我跑phonopy自带的NaCl的例子的时候，加PRIMITIVE_AXIS这个参数和不加是有区别的，所以才有这个疑问
VASP-DFPT &amp;phonopy 计算，处理数据时报错-2
VASP-DFPT &amp;phonopy 计算，处理数据时报错-3
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6楼2018-09-05 13:57:09
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人
看你是在原胞的基础上计算，还是在超胞的基础上计算。
官网给的例子是NaCl的Conventional Cell, 你用Primitive cell计算的时候不用加这个参数。
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15702449008
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
7楼2018-09-05 17:53:40
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15702449008

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2018-09-05 17:53:40
看你是在原胞的基础上计算，还是在超胞的基础上计算。
官网给的例子是NaCl的Conventional Cell, 你用Primitive cell计算的时候不用加这个参数。

好的，谢谢大佬回复，我再研究研究
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8楼2018-09-05 18:06:55
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yueeranxin

铁杆木虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2018-09-05 17:53:40
看你是在原胞的基础上计算，还是在超胞的基础上计算。
官网给的例子是NaCl的Conventional Cell, 你用Primitive cell计算的时候不用加这个参数。

您好，想请教您：做结构优化时就用的Conventional Cell，之后算声子谱扩胞也是在Conventional Cell的基础上扩的(1×1×2)，此时的PRIMITIVE_AXIS参数应该如何设置呢？
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9楼2023-05-12 22:43:48
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