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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 精修中怪事（已解决）
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cxsky315

至尊木虫 (著名写手)

小木虫华南地区特派专员

[交流] 精修中怪事（已解决）

最近我得到一个晶体，含有苯环的对位硝基取代的配合物物，精修时出现一个问题，在定初结构时，我人为（按系统提示无法找出框架），采用无心空间群定下框架后，我把所有的C N O都定为了C原子，然后升为有心空间群，之后我进一步定下所有原子种类，但是在定硝基的时候就怪了，如果把硝基上的O定下（有心转化前定下O则根本不能进行空间群的有心转化），然后XL时就无法进行（提示如下图A2-1)，当我把O改成C时，反而XL正常，F约1，R wR2 均比较小。难道我的结构出错？？实在想不通，期待高人指点一二。
补充下： 我看了C1---N1键长明显偏离文献值了，我的图示中已经达到了1.5埃，书上数据只有1.21--1.22埃。我试了DFIX，但是没有丝毫效果。

[ Last edited by cxsky315 on 2009-4-3 at 00:31 ]
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Love is a lamp,while friendship is the shadow.When the lamp is off,you will find the shadow everywhere.Friend is who can give you streng that last.
1楼 2009-04-02 23:31:09
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liutaone

木虫 (正式写手)
★
cxsky315(金币+1,VIP+0):十分感谢，我试试 4-2 23:39
嗯，初步认为是你的SFAC里面没有O原子，所以忽然出现了一个O程序不认。所以在SFAC和UNIT里分别加上O和O的个数再试一下。
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2楼2009-04-02 23:37:10
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cxsky315

至尊木虫 (著名写手)

小木虫华南地区特派专员
引用回帖:
Originally posted by liutaone at 2009-4-2 23:37:
嗯，初步认为是你的SFAC里面没有O原子，所以忽然出现了一个O程序不认。所以在SFAC和UNIT里分别加上O和O的个数再试一下。

我的。res里面确实没有O，呵呵..加的位置有限制么？？我是如图加的，但是还是出现上面一样的错误提示，格式是什么样的啊？？能详细点么？？

[ Last edited by cxsky315 on 2009-4-2 at 23:48 ]
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3楼2009-04-02 23:42:20
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liutaone

木虫 (正式写手)
★
cxsky315(金币+1,VIP+0):3q^^再试。。。。 4-3 00:08
SFAC C H N O MN N
UNIT 62 140 48 26 14 5

格式如上，你加在最后吧，因为每种元素都有一个序号，按我上面的顺序C的序号就是1，Mn是5，N就是6. 从下面可以看出每种元素后面的序号都是一定的，所以你要注意对应。


         
MN8   5    0.199935    0.383011    0.105678    11.00000    0.03646    0.03312 =
         0.03070   -0.00188   -0.01139   -0.01018
C1    1    0.722935    0.166680    0.316681    11.00000    0.03735    0.03995 =
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4楼2009-04-02 23:48:35
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cxsky315

至尊木虫 (著名写手)

小木虫华南地区特派专员
原子后面的参数不知道啊
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Love is a lamp,while friendship is the shadow.When the lamp is off,you will find the shadow everywhere.Friend is who can give you streng that last.
5楼2009-04-02 23:54:01
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liutaone

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
cxsky315(金币+3,VIP+0):Unit 必须和他一起，难怪...十分感谢兄台的细心讲解，以后还望多多指教了，呵呵.... 4-3 00:10
TITL 2 in P-1
CELL 0.71073  12.6057  13.0223  19.0391  78.292  73.004  64.996
ZERR    2.00   0.0025   0.0026   0.0038   0.030   0.030   0.030
LATT  1
SFAC C H B O MN
UNIT 62 140 48 26 14

如上，假设你的文件里有N，你在SFAC的最后加上N，然后Unit哪行写上个数就行了，变成如下格式。
TITL 2 in P-1
CELL 0.71073  12.6057  13.0223  19.0391  78.292  73.004  64.996
ZERR    2.00   0.0025   0.0026   0.0038   0.030   0.030   0.030
LATT  1
SFAC C H B O MN N
UNIT 62 140 48 26 14 6
然后保存再修就可以了。
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6楼2009-04-02 23:59:45
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