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2楼2009-04-02 09:30:17
xiangyongwang08
木虫 (著名写手)
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3楼2009-04-02 10:07:00
xi2004
至尊木虫 (职业作家)
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warlen(金币+1,VIP+0):太感谢了！ 4-2 16:10
crystalsnet(金币+197,VIP+0):再突破4200，我的能力不够了 6-23 00:14
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crystalsnet is great! 我想捐献出 500来协助此事, 不知道怎么做? 请版主们教教.  |
4楼2009-04-02 10:19:21
No.1 SBU(secondary building units)的概念
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问：在Yaghi的文献里总有一个概念叫SBU(secondary building units)我很努力的看了，还是不懂，请问有哪位看到这个概念的高手能帮忙指点一下？谢谢！ 答：简单地说,象金属和氧,硫等配位形成的多面体叫做FBU, 就是fundamental building unit，然后这些polyhedra通过共顶点,共面等形式形成的簇, 环, 链等都可以称做是SBU(secondary building units)，这些SBU再通过有机配体等连接形成三维结构. SBU =SBB (secondary building blocks)，大致如此.典型的如Yaghi的Zn4O, 答：我们知道UNIT的意思是单元，那SBU就应该是某种单元，这个单元可以是配合物，也可以是金属与配体形成的簇（CLUSTER），它们都应该具备一定的构型，从而能够在桥联配体或氢键、π-π堆积的作用下形成更高级的结构单元----倒不一定非得是3-D结构。 SBUs等于是合成配合物时的一种策略，不用把它想得太复杂。 |
5楼2009-04-02 11:09:53
No.2 不同原子共享同一位置
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问：如果精修前知道A和B原子可能共同占有一个位置，应该添加什么指令到.ins文件才能实现精修？比如在某个等效位置上可能分布有80%的A和20%的 B原子，精修的初始模型很可能这个位置上只占有A。那么是不是我只需要把A和B原子的占有率数值前的“1”删去，然后再自行添加一行B原子在那个坐标位置的指令，并且把初始占有率设为0.000，程序就会自行精修得到结果了呢？？ 答：不是的吧. 另产生一套B的坐标, A的占有率为21.000, B的为-21.00, 在FVAR后第2个数字的位置添加0.80， 然后还要限制, 用EADP和EXYZ，比如La和Cd在一个位置, 则 EADP LA1 CD1 EXYZ LA1 CD1 问：关于第二个问题，如果预先并不知道在这个位置是否有两原子混合占据，从.res文件的哪项数据指标可以推测出这种情况的存在呢？ 答：如果合成时用到了半径类似的,或者可能占据同一位置的两种金属, 就要考虑这种可能性，一般可以从键长, 热参数, R值等来推测. 问：那么如果事先并不知道A和B在同一位置占有率分别是多少，FVAR行的指令应该怎么写呢？ 答：那就让它修吧. 那只是个起始值.不过, 我不大相信其结果, 特别是如果两中元素的原子序很近的话，还是要有其他信息才好. 3.经过一轮精修以后的.res文件（请看附件），里面显示了有两个分子结构，是不是说明调制结构（modulated structure)的存在？ 小弟不才，望前辈们指教一二，多谢！ |
6楼2009-04-02 11:20:31
No. 3 xshell中分子显示完整度问题
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问：下面的这个晶体.res文件,在enCIFer中显示有8个分子[packing--molecular命令]，但在xshell中只有4个[packing命令 范围 0-1]，下面文件中：ZERR 8.00，应该显示8个才对。为什么xshell [packing命令, 范围 0-1]只有4个？手册解释ZERR:Z value (number of formula units per cell) TITL BNCPHY CELL 0.71073 7.608 25.226 11.895 90.00 90.00 90.00 ZERR 8.00 0.003 0.012 0.005 0.00 0.00 0.00 LATT 1 SYMM .5-x, .5+y, z SYMM x, .5-y, .5+z SYMM .5-x, -y, .5+z SFAC C H CL N UNIT 13 11 1 2 FVAR 1.00 CL1 3 -0.47220 0.09840 0.27610 11.00000 0.05000 C1 1 -0.61210 0.07480 0.38240 11.00000 0.05000 C10 1 -0.85590 0.20950 0.70740 11.00000 0.05000 C11 1 -0.80450 0.26210 0.70420 11.00000 0.05000 。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。 答：ZERR指独立区的分子个数.PACK图由于默认的范围不同,所以划定进来的分子个数不同.不知道这个回答你是否明白.图是直观的表达,它不会完整地显示所有信息, 例如你看到有分子的部分在晶胞外, 那是为了一个完整的分子的显示. 但是, 如果有部分分子就在你所看的CELL内, 它为了直观表达不会显示部分,要么全显示,要么全不显示. 因此, 你看到的只是实际空间的简化式. 所以你会有分子数量不对的直观判断.当它不完整显示时会使图混乱不清. |
7楼2009-04-02 11:25:55
8楼2009-04-02 11:29:19
9楼2009-04-02 11:31:00
xi2004
至尊木虫 (职业作家)
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10楼2009-04-02 11:54:01
