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crystalsnet

新虫 (正式写手)

[交流] 有奖参与整理晶体相关资源的整理,200金币赠送中(本活动停止)

hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh

[ Last edited by crystalsnet on 2009-6-23 at 00:13 ]
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crystalsnet

新虫 (正式写手)

我不是斑竹,没有版主的特权,故而只能拿出我的一半家产来支持活动,希望大家不要嫌少!
2楼2009-04-02 09:30:17
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xiangyongwang08

木虫 (著名写手)


crystalsnet(金币+1,VIP+0):能提供更具体的帮助更好 4-2 10:51
非诚勿扰,呵呵
3楼2009-04-02 10:07:00
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
crystalsnet(金币+1,VIP+0):谢谢您的鼓励,还是希望能提供具体的帮助和支持 4-2 10:52
warlen(金币+1,VIP+0):太感谢了! 4-2 16:10
crystalsnet(金币+197,VIP+0):再突破4200,我的能力不够了 6-23 00:14
crystalsnet  is great!

我想捐献出 500来协助此事, 不知道怎么做? 请版主们教教.
xi2004-emuch@163.com
4楼2009-04-02 10:19:21
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新虫 (正式写手)

No.1 SBU(secondary building units)的概念

问:在Yaghi的文献里总有一个概念叫SBU(secondary building units)我很努力的看了,还是不懂,请问有哪位看到这个概念的高手能帮忙指点一下?谢谢!
答:简单地说,象金属和氧,硫等配位形成的多面体叫做FBU, 就是fundamental building unit,然后这些polyhedra通过共顶点,共面等形式形成的簇, 环, 链等都可以称做是SBU(secondary building units),这些SBU再通过有机配体等连接形成三维结构. SBU =SBB (secondary building blocks),大致如此.典型的如Yaghi的Zn4O,
答:我们知道UNIT的意思是单元,那SBU就应该是某种单元,这个单元可以是配合物,也可以是金属与配体形成的簇(CLUSTER),它们都应该具备一定的构型,从而能够在桥联配体或氢键、π-π堆积的作用下形成更高级的结构单元----倒不一定非得是3-D结构。
   SBUs等于是合成配合物时的一种策略,不用把它想得太复杂。
5楼2009-04-02 11:09:53
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新虫 (正式写手)

No.2 不同原子共享同一位置

问:如果精修前知道A和B原子可能共同占有一个位置,应该添加什么指令到.ins文件才能实现精修?比如在某个等效位置上可能分布有80%的A和20%的 B原子,精修的初始模型很可能这个位置上只占有A。那么是不是我只需要把A和B原子的占有率数值前的“1”删去,然后再自行添加一行B原子在那个坐标位置的指令,并且把初始占有率设为0.000,程序就会自行精修得到结果了呢??
答:不是的吧.
另产生一套B的坐标, A的占有率为21.000, B的为-21.00, 在FVAR后第2个数字的位置添加0.80, 然后还要限制, 用EADP和EXYZ,比如La和Cd在一个位置, 则
EADP LA1 CD1
EXYZ LA1 CD1
问:关于第二个问题,如果预先并不知道在这个位置是否有两原子混合占据,从.res文件的哪项数据指标可以推测出这种情况的存在呢?
答:如果合成时用到了半径类似的,或者可能占据同一位置的两种金属, 就要考虑这种可能性,一般可以从键长, 热参数, R值等来推测.
问:那么如果事先并不知道A和B在同一位置占有率分别是多少,FVAR行的指令应该怎么写呢?
答:那就让它修吧. 那只是个起始值.不过, 我不大相信其结果, 特别是如果两中元素的原子序很近的话,还是要有其他信息才好.


3.经过一轮精修以后的.res文件(请看附件),里面显示了有两个分子结构,是不是说明调制结构(modulated structure)的存在?

小弟不才,望前辈们指教一二,多谢!
6楼2009-04-02 11:20:31
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新虫 (正式写手)

No. 3 xshell中分子显示完整度问题

问:下面的这个晶体.res文件,在enCIFer中显示有8个分子[packing--molecular命令],但在xshell中只有4个[packing命令  范围 0-1],下面文件中:ZERR 8.00,应该显示8个才对。为什么xshell [packing命令, 范围 0-1]只有4个?手册解释ZERR:Z value (number of formula units per cell)
TITL BNCPHY
CELL 0.71073   7.608  25.226  11.895  90.00  90.00  90.00
ZERR    8.00   0.003   0.012   0.005   0.00   0.00   0.00
LATT 1
SYMM .5-x, .5+y, z
SYMM x, .5-y, .5+z
SYMM .5-x, -y, .5+z
SFAC C H CL N
UNIT 13 11 1 2
FVAR 1.00
CL1     3  -0.47220   0.09840   0.27610  11.00000   0.05000
C1      1  -0.61210   0.07480   0.38240  11.00000   0.05000
C10     1  -0.85590   0.20950   0.70740  11.00000   0.05000
C11     1  -0.80450   0.26210   0.70420  11.00000   0.05000
。。。。。。。。。。
。。。。。。。。。。
答:ZERR指独立区的分子个数.PACK图由于默认的范围不同,所以划定进来的分子个数不同.不知道这个回答你是否明白.图是直观的表达,它不会完整地显示所有信息, 例如你看到有分子的部分在晶胞外, 那是为了一个完整的分子的显示. 但是, 如果有部分分子就在你所看的CELL内, 它为了直观表达不会显示部分,要么全显示,要么全不显示. 因此, 你看到的只是实际空间的简化式. 所以你会有分子数量不对的直观判断.当它不完整显示时会使图混乱不清.
7楼2009-04-02 11:25:55
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crystalsnet

新虫 (正式写手)

No.4 晶体解析中分子式的问题

问:使用SHELXTL解析晶体,XPREP时分子式是估计输入的,到最后产生CIF后发现分子式与事实不符,经CHECKCIF也发现此问题,请问分子式该在哪一步修改?谢谢
答:当然是结构完全解析完之后修改,最后修改cif即可
在ins 文件中,上面的几行里有一行是关于原子类型和个数的。你按LIS 文件中有个左右对比的两列,其中一列是你输入的,另一列是自动产生的。你按照自动产生的改过来就可以了。再XL精修一下。
8楼2009-04-02 11:29:19
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crystalsnet

新虫 (正式写手)

No.5 关于XSHELL的保存问题

问:用SHELXTL的WINDOWS版本解析时,在XP下输入FILE即可保存,但在用XSHELL指定Q原子后如何保存呢?是直接在XSHELL-FILE中点SAVE吗?
答:不用专门去保存,直接点击refine就可以了
保存是为了另存一下,以便保留您现在的结果
如果精修中出错了或修跑了,可以在open中打开xxx.re?, 比如re1, re2,。。。 等
9楼2009-04-02 11:31:00
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


crystalsnet(金币+1,VIP+0):是的,暂时只有晶体解析方面的 4-2 12:11
这样吧, 有些条目可能我可以帮助修订一下.

不过, 你这个是不是只是关于小分子晶体结构解析的词典? 说成晶体 是不是范围太大了些?

还有,也包括粉末解结构吗?
xi2004-emuch@163.com
10楼2009-04-02 11:54:01
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