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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 文献解析 » CIF文件的编辑
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

[交流] CIF文件的编辑

最近投稿，审稿人提出对无序水分子产生的A类错误进行解释。于是根据checkcif上的要求在cif文件的最后加入如下解释：

# start Validation Reply Form
_vrf_PLAT430_z
;
PROBLEM: Short Inter D...A Contact  O1     ..  O1W     ..       2.46 Ang.
RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms
has not been added.
;
PROBLEM: Short Inter D...A Contact  O2W    ..  O4      ..       2.34 Ang.
RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms
has not been added.
;
PROBLEM: Short Inter D...A Contact  O2W    ..  O4      ..       2.34 Ang.
RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms
has not been added.
;
# end Validation Reply Form

可为什么再次checkcif时总会提示有语法错误，是不是我编辑的问题。请高手指教，如何才能做出正确的cif。
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1楼 2009-04-02 09:23:51
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
warlen(金币+1,VIP+0):3q 4-2 16:11
试试这样：

_vrf_PLAT430_z
;
PROBLEM: Short Inter D...A Contact  O1     ..  O1W     ..       2.46 Ang.
RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms
have not been added.
PROBLEM: Short Inter D...A Contact  O2W    ..  O4      ..       2.34 Ang.
RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms
have not been added.
PROBLEM: Short Inter D...A Contact  O2W    ..  O4      ..       2.34 Ang.
RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms
have not been added.
;
# end Validation Reply Form


我有疑问， 你的水怎么disorder了？看不出来嘛？
另外，怎么说比较好， 英语可能还要斟酌一下。
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xi2004-emuch@163.com
2楼2009-04-02 09:44:42
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

to xi2004

用您提供的方法，没有语法错误了，可是Alert level A还是出现了，不知道这样是否正常。

另：我在论坛里参与交流很长时间了，也知道xi2004是个高手。所以很荣幸您能帮我。关于无序的问题是这样的：我的结构中有两个游离的水分子，由于热振动比较大，所以按无序精修的，并且修完后，各项数据均合理，由于无序水上的氢原子没有加，所以才会提示这样的A类错误。我层看过许多的文章，他们的cif中类似的A类错误都没有处理，也没有什么问题，尽管如此，我还是想把他们处理掉，所以请xi2004帮帮忙。不知这种情况下，英文要怎么说才合理呢？

Alert level A
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O1     ..  O1W     ..       2.46 Ang.
Author Response: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms has not been added. PROBLEM: Short Inter D...A Contact O2W .. O4 .. 2.34 Ang. RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms has not been added. PROBLEM: Short Inter D...A Contact O2W .. O4 .. 2.34 Ang. RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms has not been added.  

PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O2W    ..  O4      ..       2.34 Ang.
Author Response: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms has not been added. PROBLEM: Short Inter D...A Contact O2W .. O4 .. 2.34 Ang. RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms has not been added. PROBLEM: Short Inter D...A Contact O2W .. O4 .. 2.34 Ang. RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms has not been added.  

PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O2W    ..  O4      ..       2.34 Ang.
Author Response: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms has not been added. PROBLEM: Short Inter D...A Contact O2W .. O4 .. 2.34 Ang. RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms has not been added. PROBLEM: Short Inter D...A Contact O2W .. O4 .. 2.34 Ang. RESPONSE: Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms Because of the disorderd water molecules, the hydrogen atoms has not been added.
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3楼2009-04-02 09:56:10
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
你要具体指明是哪些水无序,怎样无序.
不加氢是可以的.
不过2.34距离有点近了, 要检查一下有无错误.
赞一下 回复此楼
xi2004-emuch@163.com
4楼2009-04-02 10:06:05
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)
再麻烦一下，这样的c类错误如何解决，我指的是如何在cif中编辑，能去掉或解释

Alert level C
STRVA01_ALERT_4_C           Flack test results are ambiguous.
           From the CIF: _refine_ls_abs_structure_Flack    0.450
           From the CIF: _refine_ls_abs_structure_Flack_su    0.030
PLAT242_ALERT_2_C Check Low       Ueq as Compared to Neighbors for         N3
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5楼2009-04-02 10:22:37
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
warlen(金币+1,VIP+0):3q，辛苦了！ 4-2 16:11
我觉得不必解释, 如果编辑不要求的话.

第一个似乎表明是racemic twin, 如果实际情况就是这样, 那可以在refinement special?里说明一下.
第二个很常见. 如果结构中有很多原子,难免出现一两个这样的alert c, 加restrains或许能消除,但不是很必要.
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xi2004-emuch@163.com
6楼2009-04-02 11:46:47
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)
感谢xi2004的指导。不过我不太懂什么是racemic twin，还有就是如何在refinement special里说明，我不是很明白。望不吝赐教
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7楼2009-04-02 12:17:38
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