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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】请问构象搜索用什么软件？
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wuping7550

[交流] 【求助】请问构象搜索用什么软件？

一个小的有机分子，可能有很多中构象，有没有软件能自动找到改分子最稳定的几个构象？请牛人告诉我一下，谢谢
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1楼 2009-03-31 18:39:30
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wuping7550 at 2009-4-1 22:49:
多谢.我好想听人说有，我要搜索的只是很小的有机分子稳定的构象。不是蛋白质的。那个太大了

kick方法
BH搜索
自己google查一下具体方法吧
但是不能找到最稳定的结构
稳定性还得做频率分析
自己寻找
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薄酒可以忘忧，丑妻可以白头，徐行不必驷马，称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律
5楼2009-04-08 09:32:24
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 4-8 09:31
寻求总体最优解的问题在计算科学中是一个很棘手的。有人推测如果有方法可以确定蛋白质等大分子的最稳定构象将是一个分量很足的炸药奖。

至今没有实用的软件。但有很多方法（算法，思想）可以近似得到。
比如MC，MD，退火等。
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2楼2009-03-31 21:38:11
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 4-8 09:31
sybyl中有很多构象搜索的方法，你可以分别尝试一下。
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3楼2009-04-01 08:16:30
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wuping7550

多谢.我好想听人说有，我要搜索的只是很小的有机分子稳定的构象。不是蛋白质的。那个太大了
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4楼2009-04-01 22:49:57
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