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qinqin837

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何做基于分子对接的叠合?

请问如何做基于分子对接的叠合?在sybyl是怎么操作的?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:52 ]
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我的ID叫qinqin837,但我不是83年7月生的哦,我没那么大……
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ky96998

金虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 4-20 18:39
对接每个分子后选择每个分子的最优构象,每个分子的构象都选择好了之后最后全部读入sybyl中你就会发现这些分子的公共骨架基本上都重叠在一起。不赞成一楼的对接之后还要基于公共骨架的叠合。
6楼2009-04-10 23:52:09
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
sybyl中有很多种叠合方式,如果做完分子对接可以用基于公共骨架的叠合方式。
2楼2009-04-01 08:29:53
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qinqin837

铜虫 (小有名气)

哦,那最终还是属于骨架叠合嘛。请问,场叠合又是怎么回事?
我的ID叫qinqin837,但我不是83年7月生的哦,我没那么大……
3楼2009-04-01 12:19:54
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
我个人理解是,在分子对接过程中,小分子有一个构象,把这个构象提取出来。一系列的分子对接后,由于与受体的相互作用问题,都会有一个特征的构象。然后在 sybyl 中直接对这些分子进行下一步分析,而不须要进行骨架或场的叠合。因为在分子对接过程中,可以认为那是基于与受体作用的叠合。
4楼2009-04-01 15:38:14
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