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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何做基于分子对接的叠合？
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qinqin837

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何做基于分子对接的叠合？

请问如何做基于分子对接的叠合？在sybyl是怎么操作的？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:52 ]
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我的ID叫qinqin837，但我不是83年7月生的哦，我没那么大……
1楼 2009-03-30 10:22:44
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
sybyl中有很多种叠合方式，如果做完分子对接可以用基于公共骨架的叠合方式。
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2楼2009-04-01 08:29:53
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qinqin837

铜虫 (小有名气)
哦，那最终还是属于骨架叠合嘛。请问，场叠合又是怎么回事？
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我的ID叫qinqin837，但我不是83年7月生的哦，我没那么大……
3楼2009-04-01 12:19:54
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
我个人理解是，在分子对接过程中，小分子有一个构象，把这个构象提取出来。一系列的分子对接后，由于与受体的相互作用问题，都会有一个特征的构象。然后在 sybyl 中直接对这些分子进行下一步分析，而不须要进行骨架或场的叠合。因为在分子对接过程中，可以认为那是基于与受体作用的叠合。
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4楼2009-04-01 15:38:14
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qinqin837

铜虫 (小有名气)
(⊙o⊙)哦谢谢！
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我的ID叫qinqin837，但我不是83年7月生的哦，我没那么大……
5楼2009-04-02 11:34:25
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ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 4-20 18:39
对接每个分子后选择每个分子的最优构象，每个分子的构象都选择好了之后最后全部读入sybyl中你就会发现这些分子的公共骨架基本上都重叠在一起。不赞成一楼的对接之后还要基于公共骨架的叠合。
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6楼2009-04-10 23:52:09
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