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ra2ghgzh木虫 (正式写手)
学痴
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[求助]
Gromacs中最大distance violation超过1nm，而Dis. Rest.为零该怎么办？
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请教各位专家。 我想在使用Gromacs时限制原子间距在0.1-0.3nm之间，所以在top文件中写入： [ distance_restraints ] ; ai aj type index type’ low up1 up2 fac 5 28 1 0 1 0.1 0.3 2.0 10000.0 6 29 1 1 1 0.1 0.3 2.0 10000.0 然后在mdp文件中写入： disre = Simple disre-weighting = Conservative disre-mixed = no disre-fc = 1000 disre-tau = 0 nstdisreout = 100 运行500ps后，使用gmx disre得到了drmax.xvg。结果显示，很多时候间距都超过了限制。再检查log文件，却发现Dis. Rest.一直为零，也就是说虽然违反了距离限制，但是在没有在能量上反映出来。但是总体来说，加上了distance_restraints后还是有一定效果的，原子间距的确比没加时小了很多。我想知道是不是哪里的设置出了问题，应该如何修改。 谢谢各位。 |
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