| 查看: 878 | 回复: 1 | |||
ra2ghgzh木虫 (正式写手)
学痴
|
[求助]
Gromacs中最大distance violation超过1nm，而Dis. Rest.为零该怎么办？
|
|
请教各位专家。 我想在使用Gromacs时限制原子间距在0.1-0.3nm之间，所以在top文件中写入： [ distance_restraints ] ; ai aj type index type’ low up1 up2 fac 5 28 1 0 1 0.1 0.3 2.0 10000.0 6 29 1 1 1 0.1 0.3 2.0 10000.0 然后在mdp文件中写入： disre = Simple disre-weighting = Conservative disre-mixed = no disre-fc = 1000 disre-tau = 0 nstdisreout = 100 运行500ps后，使用gmx disre得到了drmax.xvg。结果显示，很多时候间距都超过了限制。再检查log文件，却发现Dis. Rest.一直为零，也就是说虽然违反了距离限制，但是在没有在能量上反映出来。但是总体来说，加上了distance_restraints后还是有一定效果的，原子间距的确比没加时小了很多。我想知道是不是哪里的设置出了问题，应该如何修改。 谢谢各位。 |
回复此楼» 猜你喜欢
在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。
已经有11人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有14人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有6人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有11人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有7人回复
-
哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识
已经有7人回复
-
面上意见出来了
已经有23人回复
2楼2018-11-05 07:24:37
5
投票:
