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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】SYBYL有关命名的问题(2金币)

请问各位:在SYBYL中“Build/Edit >>> Name Molecule”和“File >>> Save As ——Enter * as the file name” 两者有何不同,是否所有的分子必须都要进行“Build/Edit >>> Name Molecule”的操作?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:12 ]
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★
swordzj858(金币+2,VIP+0):thanks 3-27 08:08
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-29 09:18
一个分子的名称,如 phenol
一个是文件名,如 bf.mol2,两者应该有明显的区别的。
2楼2009-03-26 21:05:55
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战虎

金虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢建议 3-29 09:18
最好给每个分子都Build/Edit >>> Name Molecule命个名,要不然你后边用到该分子时容易出错。
3楼2009-03-28 14:29:57
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_steven

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-2 21:58
“Build/Edit >>> Name Molecule” 是对当前分子命名,即在存储Mol2或SDF文件时分子的名称,“Save As”是存储分子的文件名称,如xxx.sdf,xxxx.mol2等。

比如你在Sybyl主界面中画了一个乙烷分子,默认的分子名称可能是Molecule1,你可以使用“Build/Edit >>> Name Molecule” 将其名称为“ethane”,然后“Save As” molecule.mol2,此时你打开molecule.mol2,在下一行即是ethane分子名称。

不知道这样有没有说清楚。
4楼2009-06-02 21:00:20
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-13 14:51
第一、在sybyl主界面里存在的分子或者是画好的分子,都要对分子命名,然后再保存的;
第二、楼主说的这两个选项是有先后顺序的,先“Build/Edit >>> Name Molecule”,讲分子命名,然后“File >>> Save As ——Enter * as the file name” 把这个分子保存。如果只做第一步,仅仅是给分子命了名,并未保存。
第三、“Build/Edit >>> Name Molecule”也不是必须的操作,但是一般情况下都应该进行这一步,因为系统默认的分子文件名字不直观,对我们以后的操作会误导,建议进行这一步。
5楼2009-07-13 11:37:04
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mike0601

木虫 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
对于用chemoffice转换的pdb格式文件,如果命名了,读入sybyl后不用重新命名了。如果转换为mol2文件,就要重新命名了。这只是我的个人经历,对不对还请大家指教
6楼2010-03-17 21:20:03
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