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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】 动力学平衡问题
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dongdong3881

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】 动力学平衡问题

请帮忙看看这样的温度曲线可以判断体系稳定吗？
我用的是NVT,T=200K


[ Last edited by zdhlover on 2009-11-23 at 13:54 ]
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好好自己好好学习
1楼 2009-03-26 09:49:35
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dongdong3881

木虫 (正式写手)
是不是温度波动太大了？？
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好好自己好好学习
2楼2009-03-26 09:50:24
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q! 3-26 14:56
波动是应该的,但是这个也太大了.
   程序里是不是个参数可以调啊!!
   例如什么 mass之类的.



  
  你看一下 nose-hoover 热浴的原理. 可能会有点帮助
  a molecular dynamics method for simulations in the canonical ensemble
           by shuichi nose
                   molecular physics       1984. vol.52,Vo,2,255-268

[ Last edited by superdirac on 2009-3-26 at 10:16 ]
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
3楼2009-03-26 10:09:24
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q! 3-26 14:56
太大，你体系多少个原子，用什么程序做的

和原子数的N3有关的。
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万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓？
4楼2009-03-26 10:15:04
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recoli

金虫 (正式写手)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q! 3-26 14:57
感觉温度波动比较大啊，既然是NVT就不该这样啊。。。

如果用Nose-Hoover热浴的话，温度可以控制得很好，几乎恒定不变。
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5楼2009-03-26 11:05:51
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dongdong3881

木虫 (正式写手)
我的体系不大啊 不到200个原子
估计势场选的不对
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好好自己好好学习
6楼2009-03-26 14:09:56
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pumf

木虫 (正式写手)
我也遇到这样的问题，不知道是什么问题，等待高手解决下。
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7楼2009-03-26 14:57:05
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-26 21:31
涨落比较大，建议换个热浴比较一下。
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8楼2009-03-26 15:00:26
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-26 21:32
200个的应该是用vasp或者cpmd之类的
你肯定没做好平衡

做的时候不要直接升温
nose hoover的参数调节下，而且200k属于非常低的温度，没活跃那么块的

我原先做cpmd的时候300k，波动一般在30最多了
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万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓？
9楼2009-03-26 15:54:02
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