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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 构建真菌的系统发育树的时候该如何选取合适的序列？
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

[求助] 构建真菌的系统发育树的时候该如何选取合适的序列？ 已有1人参与

各位虫友，我之前用软件做个真菌系统发育树，想搞清它的分类学地位，在NCBI网站上选取的也是跟目的真菌ITS序列相近的排在前边的几个序列，所以做出来的系统发育树自展支持率太小，没办法解释，请问该如何选取合适的序列使自展值接近100或者比较大，选序列有什么依据吗？
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事在人为
1楼 2018-06-03 10:02:40
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梦想飞扬1

金虫 (正式写手)

嗨嗨哒哒

【答案】应助回帖

请问你的问题解决了吗？

我查到:
1）不选uncultured
2) 同属的情况下，选全长或全基因组
3）每个种属选1到2个参考序列。

即便如此，我画的发育树自展值仍然很低，不知道楼主是怎么解决的
赞一下 回复此楼
为什么小木虫不能改用户名！！！
2楼2018-09-27 21:52:41
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知
引用回帖:
2楼: Originally posted by 梦想飞扬1 at 2018-09-27 21:52:41
请问你的问题解决了吗？

我查到:
1）不选uncultured
2) 同属的情况下，选全长或全基因组
3）每个种属选1到2个参考序列。

即便如此，我画的发育树自展值仍然很低，不知道楼主是怎么解决的

从亲缘关系由近及远选择，同属的选一部分，相近属的选一部分，自展值整体上都比较大，至少七八十往上。
赞一下 回复此楼
事在人为
3楼2018-09-28 10:11:22
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