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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

[求助] 构建真菌的系统发育树的时候该如何选取合适的序列? 已有1人参与

各位虫友,我之前用软件做个真菌系统发育树,想搞清它的分类学地位,在NCBI网站上选取的也是跟目的真菌ITS序列相近的排在前边的几个序列,所以做出来的系统发育树自展支持率太小,没办法解释,请问该如何选取合适的序列使自展值接近100或者比较大,选序列有什么依据吗?
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事在人为
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梦想飞扬1

金虫 (正式写手)

嗨嗨哒哒

【答案】应助回帖

请问你的问题解决了吗?

我查到:
1)不选uncultured
2) 同属的情况下,选全长或全基因组
3)每个种属选1到2个参考序列。

即便如此,我画的发育树自展值仍然很低,不知道楼主是怎么解决的
为什么小木虫不能改用户名!!!
2楼2018-09-27 21:52:41
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

引用回帖:
2楼: Originally posted by 梦想飞扬1 at 2018-09-27 21:52:41
请问你的问题解决了吗?

我查到:
1)不选uncultured
2) 同属的情况下,选全长或全基因组
3)每个种属选1到2个参考序列。

即便如此,我画的发育树自展值仍然很低,不知道楼主是怎么解决的

从亲缘关系由近及远选择,同属的选一部分,相近属的选一部分,自展值整体上都比较大,至少七八十往上。
事在人为
3楼2018-09-28 10:11:22
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