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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD做复合物分子动力学模拟的前处理
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lyyo

新虫 (初入文坛)

[交流] NAMD做复合物分子动力学模拟的前处理 已有2人参与

用vina做了蛋白受体和配体小分子对接，想用NAMD做分子动力学模拟，请问要如何把受体配体保存成一个复合物pdb呢

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1楼 2018-05-29 22:03:46
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kt_flash

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以手动添化学键，或者在ms里面连上键
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3楼2022-02-28 16:44:11
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一代米哟

新虫 (小有名气)
建议楼主用Amber，蛋白-小分子体系的动力学模拟有非常成熟的流程。可以百度搜索《分子动力学教程 分子动力学模拟（Amber 20）》看看，蛋白和小分子分开处理即可。
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2楼2021-12-29 14:56:55
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