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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lyyo

新虫 (初入文坛)

[交流] NAMD做复合物分子动力学模拟的前处理 已有2人参与

用vina做了蛋白受体和配体小分子对接,想用NAMD做分子动力学模拟,请问要如何把受体配体保存成一个复合物pdb呢

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一代米哟

新虫 (小有名气)

建议楼主用Amber,蛋白-小分子体系的动力学模拟有非常成熟的流程。可以百度搜索《分子动力学教程 分子动力学模拟(Amber 20)》看看,蛋白和小分子分开处理即可。
2楼2021-12-29 14:56:55
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kt_flash

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以手动添化学键,或者在ms里面连上键
3楼2022-02-28 16:44:11
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