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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】关于Discover 运算的问题
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pumf

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于Discover 运算的问题

请教各位高手，我在用Discover做表面吸附动力学的时候，是否一定要将表面结构中的各个原子之间的键删除？（我要做的表面可以认为是刚性的）。谢谢啊

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 20:51 ]
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1楼 2009-03-24 19:40:46
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 3-28 18:48
自动分配的话有时候是不一定适合你的体系的，建议自动之后再看一下
共价键不用删除
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7楼2009-03-28 13:55:48
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vbaov

木虫 (著名写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 3-28 18:47
没必要删除吧，原子之间只要距离适当必然会成键的，你删除的只是一种表观上的形式而已，原子之间的键并不是因为你删除了就不存在了！你为什么要删除呢？
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2楼2009-03-25 08:31:50
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pumf

木虫 (正式写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 3-28 18:47
我在做动力学的时候，如果不删除的话，在第一步优化的时候它会报错，提示我“Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: O48(o)-Al32(al3o)”，但是我如果在优化之前删掉键的话，这个错误它倒是不报了，可是还有问题，删除键后做优化，它会把我的模型从一个表面变成一个大块状的结构。
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3楼2009-03-25 10:39:21
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 3-28 18:47
我基本没用过Discove，但对它r一直有个疑惑就是：这种原子之间的键删除是否影响计算结果。
量子计算的模块Dmol、Castep中删掉键确实只是视觉效果不同。但对于Discover这种使用力场的模块一直不太了解。我试验过删除键确实对计算结果有影响，但不清楚这里面到底是怎么处理原子间作用的。还有就是如果相互作用与这种"人为定义的键"有关，那么能否正确处理断键、成键过程呢？
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4楼2009-03-25 10:51:19
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