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pumf

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于Discover 运算的问题

请教各位高手,我在用Discover做表面吸附动力学的时候,是否一定要将表面结构中的各个原子之间的键删除?(我要做的表面可以认为是刚性的)。谢谢啊

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 20:51 ]
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吸附动力学机制与模型

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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流! 3-28 18:48
自动分配的话有时候是不一定适合你的体系的,建议自动之后再看一下
共价键不用删除
7楼2009-03-28 13:55:48
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查看全部 7 个回答

vbaov

木虫 (著名写手)

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流! 3-28 18:47
没必要删除吧,原子之间只要距离适当必然会成键的,你删除的只是一种表观上的形式而已,原子之间的键并不是因为你删除了就不存在了!你为什么要删除呢?
2楼2009-03-25 08:31:50
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pumf

木虫 (正式写手)

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流! 3-28 18:47
我在做动力学的时候,如果不删除的话,在第一步优化的时候它会报错,提示我“Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: O48(o)-Al32(al3o)”,但是我如果在优化之前删掉键的话,这个错误它倒是不报了,可是还有问题,删除键后做优化,它会把我的模型从一个表面变成一个大块状的结构。
3楼2009-03-25 10:39:21
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acridine

木虫 (正式写手)

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流! 3-28 18:47
我基本没用过Discove,但对它r一直有个疑惑就是:这种原子之间的键删除是否影响计算结果。
量子计算的模块Dmol、Castep中删掉键确实只是视觉效果不同。但对于Discover这种使用力场的模块一直不太了解。我试验过删除键确实对计算结果有影响,但不清楚这里面到底是怎么处理原子间作用的。还有就是如果相互作用与这种"人为定义的键"有关,那么能否正确处理断键、成键过程呢?
4楼2009-03-25 10:51:19
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