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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】关于Discover 运算的问题
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pumf

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于Discover 运算的问题

请教各位高手，我在用Discover做表面吸附动力学的时候，是否一定要将表面结构中的各个原子之间的键删除？（我要做的表面可以认为是刚性的）。谢谢啊

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 20:51 ]
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1楼 2009-03-24 19:40:46
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vbaov

木虫 (著名写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 3-28 18:47
没必要删除吧，原子之间只要距离适当必然会成键的，你删除的只是一种表观上的形式而已，原子之间的键并不是因为你删除了就不存在了！你为什么要删除呢？
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2楼2009-03-25 08:31:50
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pumf

木虫 (正式写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 3-28 18:47
我在做动力学的时候，如果不删除的话，在第一步优化的时候它会报错，提示我“Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: O48(o)-Al32(al3o)”，但是我如果在优化之前删掉键的话，这个错误它倒是不报了，可是还有问题，删除键后做优化，它会把我的模型从一个表面变成一个大块状的结构。
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3楼2009-03-25 10:39:21
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 3-28 18:47
我基本没用过Discove，但对它r一直有个疑惑就是：这种原子之间的键删除是否影响计算结果。
量子计算的模块Dmol、Castep中删掉键确实只是视觉效果不同。但对于Discover这种使用力场的模块一直不太了解。我试验过删除键确实对计算结果有影响，但不清楚这里面到底是怎么处理原子间作用的。还有就是如果相互作用与这种"人为定义的键"有关，那么能否正确处理断键、成键过程呢？
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4楼2009-03-25 10:51:19
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 3-28 18:48
discover不能正确处理断键、成键过程，只能处理物理问题
有这个错误提示是因为成这个键的原子的力场参数没有定义或者没有合适的力场参数
不要让他自己计算，手动查看一下有没有合适的力场参数
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5楼2009-03-25 13:00:51
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pumf

木虫 (正式写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 3-28 18:48
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-3-25 13:00:
discover不能正确处理断键、成键过程，只能处理物理问题
有这个错误提示是因为成这个键的原子的力场参数没有定义或者没有合适的力场参数
不要让他自己计算，手动查看一下有没有合适的力场参数

恩，在Discover中的立场基本是Compass，但是在优化之前好像是应该先计算一下立场，然后再把自动计算立场选择“NO”。然后还得删除键。
这是我看创腾公司的MS初级教程上这么做的，呵呵。
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6楼2009-03-28 10:44:04
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 3-28 18:48
自动分配的话有时候是不一定适合你的体系的，建议自动之后再看一下
共价键不用删除
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7楼2009-03-28 13:55:48
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