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Nanokitty

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2009-4-1 12:10:
这些按钮在build--build mesostructure--bulid mesostructure template里,你看一下DPD说明里的第4个例子就是讲这个的,还有一个问题我到现在也没明白,DPD里面需要设置珠子的质量和大小吗?文献上都没有设置 ...

谢谢啦!我刚看过了,找到了~~
      我想用各种形状的大珠子代表纳米粒子,这样与那些一般的珠子在大小和形貌上至少是要有分别的,我提到的那篇Nano Lett的文献好像是把一些小珠子的聚集体当作纳米粒子或纳米棒的,但是一般珠子都是用弹簧连起来的,我不知道怎么让它们按我想要的方式刚性的连起来~
11楼2009-04-01 13:15:34
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★
wuchenwf(金币+2):谢谢
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Originally posted by qzhaosdu at 2009-4-1 12:13:


即使定义好了一个分子的CG,用DPD做仍然是很困难的啊 。。。相互作用参数的问题。。。现在好多都是自己弄的参数,那个blend算的来的很不可靠,还有,你怎么CG还是个大问题额。。。

相互作用参数用blend计算的不可靠,完全忽略了分子链构型的影响,如果没有实验数据,最好还是Amorphous 之后跑动力学计算Emix,当然用文献中的相互作用参数最好了,呵呵
对分子CG是个技巧,还在学习中,PCCP上一期是CG专题,值得好好学习。
12楼2009-04-01 23:52:31
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)


zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 4-3 21:44
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2009-4-1 12:10:


这些按钮在build--build mesostructure--bulid mesostructure template里,你看一下DPD说明里的第4个例子就是讲这个的,还有一个问题我到现在也没明白,DPD里面需要设置珠子的质量和大小吗?文献上都没有设置 ...

DPD好像是对珠子进行了简约成DPD单位了,没有具体的质量,但大小不知道能不能通过格子点转化过来,具体的不明白
13楼2009-04-01 23:55:44
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Nanokitty

新虫 (小有名气)

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流! 4-5 17:26
引用回帖:
Originally posted by cel0303 at 2009-4-1 23:52:
相互作用参数用blend计算的不可靠,完全忽略了分子链构型的影响,如果没有实验数据,最好还是Amorphous 之后跑动力学计算Emix,当然用文献中的相互作用参数最好了,呵呵
对分子CG是个技巧,还在学习中,PCCP ...

谢谢啦!我也是刚接触这方面,你能把那篇PCCP具体的期卷号发一下吗?另外,我不知道模拟金Nanorod可不可以这样,就是先建一个由Au原子构成的棒状晶体,再用CG~~如果能这样就好了~~
14楼2009-04-03 00:13:36
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by cel0303 at 2009-4-1 23:52:


相互作用参数用blend计算的不可靠,完全忽略了分子链构型的影响,如果没有实验数据,最好还是Amorphous 之后跑动力学计算Emix,当然用文献中的相互作用参数最好了,呵呵
对分子CG是个技巧,还在学习中,PCCP ...

我也想看看这个啊 ,麻烦cell同学把这个的网址发下吧,谢谢!!
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
15楼2009-04-03 09:13:49
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流! 4-5 17:26
PCCP 2009年11卷12期 Coarse-grained modeling of soft condensed matter

http://www.rsc.org/Publishing/Jo ... 12&x=16&y=6
16楼2009-04-03 21:03:24
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流! 4-5 17:26
引用回帖:
Originally posted by Nanokitty at 2009-4-3 00:13:


    谢谢啦!我也是刚接触这方面,你能把那篇PCCP具体的期卷号发一下吗?另外,我不知道模拟金Nanorod可不可以这样,就是先建一个由Au原子构成的棒状晶体,再用CG~~如果能这样就好了~~

选好重复片段CG没问题,个人觉得是由Au原子构成的棒状晶体能否反应你体系物质实际的存在形式
17楼2009-04-03 21:38:00
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