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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】Materials Studio中如何设置DPD珠子的形状和大小？
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Nanokitty

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2009-4-1 12:10:
这些按钮在build--build mesostructure--bulid mesostructure template里，你看一下DPD说明里的第4个例子就是讲这个的，还有一个问题我到现在也没明白，DPD里面需要设置珠子的质量和大小吗？文献上都没有设置 ...

谢谢啦！我刚看过了，找到了~~
      我想用各种形状的大珠子代表纳米粒子，这样与那些一般的珠子在大小和形貌上至少是要有分别的，我提到的那篇Nano Lett的文献好像是把一些小珠子的聚集体当作纳米粒子或纳米棒的，但是一般珠子都是用弹簧连起来的，我不知道怎么让它们按我想要的方式刚性的连起来~
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11楼2009-04-01 13:15:34
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
wuchenwf(金币+2):谢谢
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2009-4-1 12:13:


即使定义好了一个分子的CG,用DPD做仍然是很困难的啊 。。。相互作用参数的问题。。。现在好多都是自己弄的参数，那个blend算的来的很不可靠，还有，你怎么CG还是个大问题额。。。

相互作用参数用blend计算的不可靠，完全忽略了分子链构型的影响，如果没有实验数据，最好还是Amorphous 之后跑动力学计算Emix，当然用文献中的相互作用参数最好了，呵呵
对分子CG是个技巧，还在学习中，PCCP上一期是CG专题，值得好好学习。
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12楼2009-04-01 23:52:31
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 4-3 21:44
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2009-4-1 12:10:


这些按钮在build--build mesostructure--bulid mesostructure template里，你看一下DPD说明里的第4个例子就是讲这个的，还有一个问题我到现在也没明白，DPD里面需要设置珠子的质量和大小吗？文献上都没有设置 ...

DPD好像是对珠子进行了简约成DPD单位了，没有具体的质量，但大小不知道能不能通过格子点转化过来，具体的不明白
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13楼2009-04-01 23:55:44
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Nanokitty

新虫 (小有名气)
★ ★
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引用回帖:
Originally posted by cel0303 at 2009-4-1 23:52:
相互作用参数用blend计算的不可靠，完全忽略了分子链构型的影响，如果没有实验数据，最好还是Amorphous 之后跑动力学计算Emix，当然用文献中的相互作用参数最好了，呵呵
对分子CG是个技巧，还在学习中，PCCP ...

谢谢啦！我也是刚接触这方面，你能把那篇PCCP具体的期卷号发一下吗？另外，我不知道模拟金Nanorod可不可以这样，就是先建一个由Au原子构成的棒状晶体，再用CG~~如果能这样就好了~~
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14楼2009-04-03 00:13:36
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cel0303 at 2009-4-1 23:52:


相互作用参数用blend计算的不可靠，完全忽略了分子链构型的影响，如果没有实验数据，最好还是Amorphous 之后跑动力学计算Emix，当然用文献中的相互作用参数最好了，呵呵
对分子CG是个技巧，还在学习中，PCCP ...

我也想看看这个啊 ，麻烦cell同学把这个的网址发下吧，谢谢！！
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
15楼2009-04-03 09:13:49
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 4-5 17:26
PCCP 2009年11卷12期 Coarse-grained modeling of soft condensed matter

http://www.rsc.org/Publishing/Jo ... 12&x=16&y=6
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16楼2009-04-03 21:03:24
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 4-5 17:26
引用回帖:
Originally posted by Nanokitty at 2009-4-3 00:13:


    谢谢啦！我也是刚接触这方面，你能把那篇PCCP具体的期卷号发一下吗？另外，我不知道模拟金Nanorod可不可以这样，就是先建一个由Au原子构成的棒状晶体，再用CG~~如果能这样就好了~~

选好重复片段CG没问题，个人觉得是由Au原子构成的棒状晶体能否反应你体系物质实际的存在形式
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17楼2009-04-03 21:38:00
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