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Nanokitty

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Materials Studio中如何设置DPD珠子的形状和大小?

我在“高分子模拟”版中问了这个问题,但还没人回答,发现MS高手都在这个版中~再请教一下:

我最近正在用MS做一些耗散粒子动力学(DPD)的工作,想用来模拟聚合物修饰的Nanorod 的组装。在网上见到一些介绍MS DPD的资料,发现里面可设置DPD珠子形状和大小,我用的是MS 4.1,里面的DPD虽然有个Structure Builder,但是用不了,而在Calculation按钮里面只能设置简单的DPD珠子。

想请教各位高手几个问题:

1. 能设置DPD bead 的大小和形状的是Materials Studio的哪个版本啊?有谁用过没?

2. 我只会设置嵌段和接枝的DPD珠子结构,怎么设置环形的DPD珠子结构啊?

3. DPD珠子是不是都是用弹簧连的,可不可以设置成用刚性棒连接或者让其直接粘结起来的?

谢谢啦!!

[ Last edited by aylayl08 on 2010-3-29 at 08:06 ]
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★
wuchenwf(金币+2):谢谢
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2009-4-1 12:13:


即使定义好了一个分子的CG,用DPD做仍然是很困难的啊 。。。相互作用参数的问题。。。现在好多都是自己弄的参数,那个blend算的来的很不可靠,还有,你怎么CG还是个大问题额。。。

相互作用参数用blend计算的不可靠,完全忽略了分子链构型的影响,如果没有实验数据,最好还是Amorphous 之后跑动力学计算Emix,当然用文献中的相互作用参数最好了,呵呵
对分子CG是个技巧,还在学习中,PCCP上一期是CG专题,值得好好学习。
12楼2009-04-01 23:52:31
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★ ★
zdhlover(金币+3,VIP+0):谢谢你的热情回答,欢迎常来 3-27 18:19
1、珠子大小与体积(Mass和Radius)与粗粒化的分子片段大小有关,形状不明白你指的是什么?珠子自然都是球形的阿

2、环状可以做(附件是4.4例子里面处理苯环的)


3、DPD目前只能做软体,4.4中采用Coarse Graining可以通过定义Patten和Motion Group来粗粒化硬体材料,Help中有粗粒化碳纳米管的例子,可作参考
2楼2009-03-27 16:10:49
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Nanokitty

新虫 (小有名气)

谢谢啦!!我指的形状是指,比方说,模拟聚合物修饰的金纳米棒,Nanorod就可以用一个棒状的大的DPD珠子表示~~不知道应该怎样做到~
3楼2009-03-31 23:11:57
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★ ★
qasd(金币+3,VIP+0):xiexie~ 4-1 22:25
引用回帖:
Originally posted by Nanokitty at 2009-3-31 23:11:
谢谢啦!!我指的形状是指,比方说,模拟聚合物修饰的金纳米棒,Nanorod就可以用一个棒状的大的DPD珠子表示~~不知道应该怎样做到~

用一个大的珠子表示金纳米棒个人觉得不是很合适,DPD模拟中只认一种尺寸大小的珠子,有看过Colloid Polym Sci (2007) 285:1543–1552处理gold nanoparticle的,四个金原子做一个珠子。此外相互作用参数也是个问题,金可处理为15,以确保晶体晶格的强相互作用,个人觉得DPD处理硬物质并不合适。
建议用coarse graining处理后用MesoTek来做。
4楼2009-04-01 00:54:19
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