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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】Materials Studio中如何设置DPD珠子的形状和大小？
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Nanokitty

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Materials Studio中如何设置DPD珠子的形状和大小？

我在“高分子模拟”版中问了这个问题，但还没人回答，发现MS高手都在这个版中~再请教一下：

我最近正在用MS做一些耗散粒子动力学（DPD）的工作，想用来模拟聚合物修饰的Nanorod 的组装。在网上见到一些介绍MS DPD的资料，发现里面可设置DPD珠子形状和大小，我用的是MS 4.1，里面的DPD虽然有个Structure Builder，但是用不了，而在Calculation按钮里面只能设置简单的DPD珠子。

想请教各位高手几个问题：

1. 能设置DPD bead 的大小和形状的是Materials Studio的哪个版本啊？有谁用过没？

2. 我只会设置嵌段和接枝的DPD珠子结构，怎么设置环形的DPD珠子结构啊？

3. DPD珠子是不是都是用弹簧连的，可不可以设置成用刚性棒连接或者让其直接粘结起来的？

谢谢啦！！

[ Last edited by aylayl08 on 2010-3-29 at 08:06 ]
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1楼2009-03-23 22:40:10
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★
zdhlover(金币+3,VIP+0):谢谢你的热情回答，欢迎常来 3-27 18:19
1、珠子大小与体积（Mass和Radius）与粗粒化的分子片段大小有关，形状不明白你指的是什么？珠子自然都是球形的阿

2、环状可以做（附件是4.4例子里面处理苯环的）


3、DPD目前只能做软体，4.4中采用Coarse Graining可以通过定义Patten和Motion Group来粗粒化硬体材料，Help中有粗粒化碳纳米管的例子，可作参考
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2楼2009-03-27 16:10:49
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Nanokitty

新虫 (小有名气)
谢谢啦！！我指的形状是指，比方说，模拟聚合物修饰的金纳米棒，Nanorod就可以用一个棒状的大的DPD珠子表示~~不知道应该怎样做到~
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3楼2009-03-31 23:11:57
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★
qasd(金币+3,VIP+0):xiexie~ 4-1 22:25
引用回帖:
Originally posted by Nanokitty at 2009-3-31 23:11:
谢谢啦！！我指的形状是指，比方说，模拟聚合物修饰的金纳米棒，Nanorod就可以用一个棒状的大的DPD珠子表示~~不知道应该怎样做到~

用一个大的珠子表示金纳米棒个人觉得不是很合适，DPD模拟中只认一种尺寸大小的珠子，有看过Colloid Polym Sci (2007) 285:1543–1552处理gold nanoparticle的，四个金原子做一个珠子。此外相互作用参数也是个问题，金可处理为15，以确保晶体晶格的强相互作用，个人觉得DPD处理硬物质并不合适。
建议用coarse graining处理后用MesoTek来做。
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4楼2009-04-01 00:54:19
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Nanokitty

新虫 (小有名气)
Thanks very much！！
    我之前试过用几个珠子连起来的，但DPD算法中珠子之间都是用弹簧连起来的，而我要模拟nanorod的话就希望那4个bead是刚性连起来的，单纯把相互作用参数设低可能会导致这些nanorod之间作用很强~~不知道MesoTek可不可以做~~
      有个大牛Sharon C. Glotzer做了很多这方面的工作（Nano Lett., 2003, 3: 1341-1346），但他发的文章都没说具体怎么做的~~
      我在网上见过一个Accerlry公司官方的介绍课程，但我貌似发不了附件，你邮箱是多少啊？我给你发过去吧~
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5楼2009-04-01 11:43:51
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Nanokitty

新虫 (小有名气)

设置DPD珠子的形状，不知道是怎么做到的

这个是Accelrys官方的一个介绍课程里面的，谁知道这些按钮在哪里，MS 4.4可以做吗？
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6楼2009-04-01 11:58:30
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 4-1 22:26
引用回帖:
Originally posted by Nanokitty at 2009-4-1 11:58:
这个是Accelrys官方的一个介绍课程里面的，谁知道这些按钮在哪里，MS 4.4可以做吗？

这些按钮在build--build mesostructure--bulid mesostructure template里，你看一下DPD说明里的第4个例子就是讲这个的，还有一个问题我到现在也没明白，DPD里面需要设置珠子的质量和大小吗？文献上都没有设置的，DPD里面应该都已经用了约化单位了吧，我觉的不应该自己设置了，要是分析里要用到质量或者体积的话再把约化单位转到实际单位就行，只是自己的理解，不知道对你有没有帮助哈
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
7楼2009-04-01 12:10:20
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cel0303 at 2009-3-27 16:10:
1、珠子大小与体积（Mass和Radius）与粗粒化的分子片段大小有关，形状不明白你指的是什么？珠子自然都是球形的阿

2、环状可以做（附件是4.4例子里面处理苯环的）


3、DPD目前只能做软体，4.4中采用Coarse  ...

即使定义好了一个分子的CG,用DPD做仍然是很困难的啊 。。。相互作用参数的问题。。。现在好多都是自己弄的参数，那个blend算的来的很不可靠，还有，你怎么CG还是个大问题额。。。
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8楼2009-04-01 12:13:47
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 4-1 22:26
引用回帖:
Originally posted by Nanokitty at 2009-3-23 22:40:
我在“高分子模拟”版中问了这个问题，但还没人回答，发现MS高手都在这个版中~再请教一下：

我最近正在用MS做一些耗散粒子动力学（DPD）的工作，想用来模拟聚合物修饰的Nanorod 的组装。在网上见到一些介绍MS ...

还有，环形的珠子我认为把这个环当做一个珠子就可以了，2楼同学的那种设置是在martini力场里的，和DPD应该不一样的
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9楼2009-04-01 12:17:10
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Nanokitty

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2009-4-1 12:17:


还有，环形的珠子我认为把这个环当做一个珠子就可以了，2楼同学的那种设置是在martini力场里的，和DPD应该不一样的

Thanks！！      
      可是我想设置的环是纳米尺度的，比如环状多肽，环形聚合物，或者是纳米粒子构成的~不是几个原子组成的环~不知道可以设置不
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10楼2009-04-01 13:09:30
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