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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】Materials Studio中如何设置DPD珠子的形状和大小？
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Nanokitty

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Materials Studio中如何设置DPD珠子的形状和大小？

我在“高分子模拟”版中问了这个问题，但还没人回答，发现MS高手都在这个版中~再请教一下：

我最近正在用MS做一些耗散粒子动力学（DPD）的工作，想用来模拟聚合物修饰的Nanorod 的组装。在网上见到一些介绍MS DPD的资料，发现里面可设置DPD珠子形状和大小，我用的是MS 4.1，里面的DPD虽然有个Structure Builder，但是用不了，而在Calculation按钮里面只能设置简单的DPD珠子。

想请教各位高手几个问题：

1. 能设置DPD bead 的大小和形状的是Materials Studio的哪个版本啊？有谁用过没？

2. 我只会设置嵌段和接枝的DPD珠子结构，怎么设置环形的DPD珠子结构啊？

3. DPD珠子是不是都是用弹簧连的，可不可以设置成用刚性棒连接或者让其直接粘结起来的？

谢谢啦！！

[ Last edited by aylayl08 on 2010-3-29 at 08:06 ]
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1楼 2009-03-23 22:40:10
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 4-5 17:26
引用回帖:
Originally posted by Nanokitty at 2009-4-3 00:13:


    谢谢啦！我也是刚接触这方面，你能把那篇PCCP具体的期卷号发一下吗？另外，我不知道模拟金Nanorod可不可以这样，就是先建一个由Au原子构成的棒状晶体，再用CG~~如果能这样就好了~~

选好重复片段CG没问题，个人觉得是由Au原子构成的棒状晶体能否反应你体系物质实际的存在形式
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17楼2009-04-03 21:38:00
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★
zdhlover(金币+3,VIP+0):谢谢你的热情回答，欢迎常来 3-27 18:19
1、珠子大小与体积（Mass和Radius）与粗粒化的分子片段大小有关，形状不明白你指的是什么？珠子自然都是球形的阿

2、环状可以做（附件是4.4例子里面处理苯环的）


3、DPD目前只能做软体，4.4中采用Coarse Graining可以通过定义Patten和Motion Group来粗粒化硬体材料，Help中有粗粒化碳纳米管的例子，可作参考
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2楼2009-03-27 16:10:49
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Nanokitty

新虫 (小有名气)
谢谢啦！！我指的形状是指，比方说，模拟聚合物修饰的金纳米棒，Nanorod就可以用一个棒状的大的DPD珠子表示~~不知道应该怎样做到~
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3楼2009-03-31 23:11:57
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★
qasd(金币+3,VIP+0):xiexie~ 4-1 22:25
引用回帖:
Originally posted by Nanokitty at 2009-3-31 23:11:
谢谢啦！！我指的形状是指，比方说，模拟聚合物修饰的金纳米棒，Nanorod就可以用一个棒状的大的DPD珠子表示~~不知道应该怎样做到~

用一个大的珠子表示金纳米棒个人觉得不是很合适，DPD模拟中只认一种尺寸大小的珠子，有看过Colloid Polym Sci (2007) 285:1543–1552处理gold nanoparticle的，四个金原子做一个珠子。此外相互作用参数也是个问题，金可处理为15，以确保晶体晶格的强相互作用，个人觉得DPD处理硬物质并不合适。
建议用coarse graining处理后用MesoTek来做。
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4楼2009-04-01 00:54:19
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