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annalic

新虫 (初入文坛)

[交流] Sal1和sac2双酶切构建表达载体 已有2人参与

载体用的是pDG160质粒,进行sal1和sac2双酶切3.5小时,连接的片段经PCR后双酶切,再进行5ul体系T4连接16℃过夜,加20ul感受态进行转化涂布,挑取长出的单菌落进行培养,结果菌落PCR有片段,但酶切验证无片段。求助各位,到底是哪里的问题,酶切不彻底吗?

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ma08105

铜虫 (著名写手)

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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-05-16 07:56:59
1、送测序看看 2、会不会是菌落PCR的引物用的是片段上的而不是载体上的

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我是最好的
2楼2018-05-15 23:34:46
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annalic

新虫 (初入文坛)

我后来用空载质粒做PCR发现也能P出跟连接片段长度相仿的片段,所以只能认定做PCR验证是无效的。我的结果出现假阳性,不知道是否是酶切的缘故,我的载体和片段浓度挺高的,不知道这两种酶双酶切多长时间合适,而且这两种酶活都是15U/ul.不知道前辈有没有经验

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3楼2018-05-16 07:35:59
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maoniuniu

新虫 (小有名气)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这两个酶的酶切效率还是比较高的
不知道你用的是哪个公司的连接酶,连接的时间可以不用这么久,以前Takara、NEB的酶都用,现在基本都用Fermentas的T4,室温连接上几十分钟,连接时间太久会导致假阳性,建议可以减少连接时间,降低背景
然后就是菌落PCR,不知道你鉴定了多少个斑,菌落PCR确实会有假阳性,我一般长的斑少就都挑,多的话挑上十几个,PCR后选择阳性斑,如果阳性斑多,就选择那些条带最强的,这里一定要记住加上对照组,阳性对照可以使用你的插入片段,或者带有插入片段的质粒,证明PCR是成功的,阴性对照为空载体和水作为模板,证明PCR产物是特异的,然后再将阳性克隆摇菌进行酶切鉴定,一般认为酶切鉴定是准确的
如果你的片段不长,也比较好连接,应该是存在阳性克隆的,如果斑长的多,就再多挑几个去鉴定
祝好!
4楼2018-05-16 18:50:21
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maoniuniu

新虫 (小有名气)

★
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引用回帖:
3楼: Originally posted by annalic at 2018-05-16 07:35:59
我后来用空载质粒做PCR发现也能P出跟连接片段长度相仿的片段,所以只能认定做PCR验证是无效的。我的结果出现假阳性,不知道是否是酶切的缘故,我的载体和片段浓度挺高的,不知道这两种酶双酶切多长时间合适,而且这 ...

对了,不知道你用来做菌落PCR的引物是什么引物,我们一般是用载体上的一段,比如最近的测序引物,再加上片段上的一段,这样特异性会很好
5楼2018-05-16 18:52:56
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