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ideal2007

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】MSD怎么计算

请大家多多指教啊
快毕业了老板让多做计算
现在利用高斯计算了分子模型 
向进一步计算均方位移MSD
可是看了半天也不明白 
请各位大师多多指教啊
半路出家学计算 现在还是什么都不会
谢谢大家啦

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:09 ]
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q 3-24 14:55
体系粘度?呃,这个不太懂。
RMSD---root-mean-square deviation. 就是你说的均方根偏差。用来比较2个分子或者同一分子不同构象的差异。此值越小,表示越相似。
如果是大分子的,可以用VMD, pymol或者其它的软件都可以算;
如果是小分子,网上有一些免费的软件业可以算,像KineMage,不过没用过,希望有知道的高手补充。
10楼2009-03-24 14:28:19
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-21 17:20
均方位移有公式的啊,很好算的啊。但均方位移是与时间有关的量,一般是对分子动力学模拟得到的原子位置的变化进行分析,也就是说,分析的是运动轨迹。如果你用高斯优化结构,应是得不到运动轨迹的。除非你对均方位移有其它的定义。
2楼2009-03-21 11:07:22
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ideal2007

银虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2009-3-21 11:07:
均方位移有公式的啊,很好算的啊。但均方位移是与时间有关的量,一般是对分子动力学模拟得到的原子位置的变化进行分析,也就是说,分析的是运动轨迹。如果你用高斯优化结构,应是得不到运动轨迹的。除非你对均方位 ...

十分感谢你的解释
对于均方位移不是用程序计算出来的吗?自己实在是比较菜,不懂的太多

对于最开始的结构 使用分子动力学模拟得到之后
根据性质参数什么的在计算MSD?
没有用过分子动力学软件
只是使用过一阵高斯
3楼2009-03-21 11:16:11
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-21 17:20
均方位移当然是用程序算出来的。可以在MD结束之后,对轨迹文件进行处理,也可以在MD的过程当中顺便算出来。无非就是统计原子在第N步和第N-1步之间的位移的平方。
我不了解你为什么要算均方位移。你对你的均方位移有没有什么特殊的定义啊?
4楼2009-03-21 11:32:23
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