版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

当前主题已经存档。

ideal2007

银虫 (正式写手)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 293.9
散金: 61
红花: 1
帖子: 378
在线: 528.2小时
虫号: 499032
注册: 2008-02-06
性别: MM
专业: 有色金属冶金

[交流] 【求助】ＭＳＤ怎么计算

请大家多多指教啊
快毕业了老板让多做计算
现在利用高斯计算了分子模型　
向进一步计算均方位移ＭＳＤ
可是看了半天也不明白　
请各位大师多多指教啊
半路出家学计算　现在还是什么都不会
谢谢大家啦

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:09 ]

回复此楼

» 猜你喜欢

亲密关系已经有3人回复
27秋申博自荐已经有3人回复
郑州大学申博已经有7人回复
关于核磁制样已经有3人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

1楼 2009-03-21 10:13:45

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
贵宾: 0.17
金币: 4774.1
散金: 8
红花: 42
帖子: 1361
在线: 215.2小时
虫号: 659094
注册: 2008-11-21
专业: 金属结构材料

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-21 17:20

均方位移有公式的啊，很好算的啊。但均方位移是与时间有关的量，一般是对分子动力学模拟得到的原子位置的变化进行分析，也就是说，分析的是运动轨迹。如果你用高斯优化结构，应是得不到运动轨迹的。除非你对均方位移有其它的定义。

赞一下(10人)

回复此楼

2楼2009-03-21 11:07:22

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ideal2007

银虫 (正式写手)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 293.9
散金: 61
红花: 1
帖子: 378
在线: 528.2小时
虫号: 499032
注册: 2008-02-06
性别: MM
专业: 有色金属冶金

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2009-3-21 11:07:
均方位移有公式的啊，很好算的啊。但均方位移是与时间有关的量，一般是对分子动力学模拟得到的原子位置的变化进行分析，也就是说，分析的是运动轨迹。如果你用高斯优化结构，应是得不到运动轨迹的。除非你对均方位 ...

十分感谢你的解释
对于均方位移不是用程序计算出来的吗?自己实在是比较菜，不懂的太多

对于最开始的结构使用分子动力学模拟得到之后
根据性质参数什么的在计算MSD？
没有用过分子动力学软件
只是使用过一阵高斯

赞一下

回复此楼

3楼2009-03-21 11:16:11

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
贵宾: 0.17
金币: 4774.1
散金: 8
红花: 42
帖子: 1361
在线: 215.2小时
虫号: 659094
注册: 2008-11-21
专业: 金属结构材料

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-21 17:20

均方位移当然是用程序算出来的。可以在MD结束之后，对轨迹文件进行处理，也可以在MD的过程当中顺便算出来。无非就是统计原子在第N步和第N-1步之间的位移的平方。
我不了解你为什么要算均方位移。你对你的均方位移有没有什么特殊的定义啊？

赞一下(10人)

回复此楼

4楼2009-03-21 11:32:23

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 4269.5
散金: 33
红花: 2
帖子: 536
在线: 287.5小时
虫号: 522969
注册: 2008-03-12
专业: 理论和计算化学

★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):thanks！ 3-21 21:39

在md中算均方位移
  (1)  可以观察体系的平衡情况
  (2)  可以用来粗略的估计一下体系的粘度.

  不过用gaussian 计算的结果,能用来计算MSD吗??高斯的计算中,分子几乎是静止不动的. 没见过在gaussian 里计算MSD.只在MD中见过.

赞一下(10人)

回复此楼

我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋

5楼2009-03-21 20:27:40

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xuefei06

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
贵宾: 0.18
金币: 1957.8
红花: 1
帖子: 303
在线: 384.4小时
虫号: 424222
注册: 2007-07-21
性别: GG
专业: 高分子物理与高分子物理化

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-24 09:31

the art of molecular simulation 这本书里有计算MSD的程序，估计要从头看才能看的懂

赞一下(10人)

回复此楼

6楼2009-03-21 21:41:37

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ideal2007

银虫 (正式写手)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 293.9
散金: 61
红花: 1
帖子: 378
在线: 528.2小时
虫号: 499032
注册: 2008-02-06
性别: MM
专业: 有色金属冶金

谢谢楼上各位大师了
等我研究一下怎么转移金币，实在不好意思，这个还不会呢

还请大家多多指导计算模拟的知识
十分感谢大家了

赞一下

回复此楼

7楼2009-03-21 21:45:03

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

nkyx

铁杆木虫 (正式写手)

应助: 6 (幼儿园)
金币: 9431.2
散金: 12
红花: 4
帖子: 644
在线: 2271.7小时
虫号: 321349
注册: 2007-03-10
专业: 药物设计与药物信息

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-26 08:54

MSD？还是RMSD？
你算这玩意的目的是什么？

赞一下(10人)

回复此楼

8楼2009-03-22 21:32:19

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ideal2007

银虫 (正式写手)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 293.9
散金: 61
红花: 1
帖子: 378
在线: 528.2小时
虫号: 499032
注册: 2008-02-06
性别: MM
专业: 有色金属冶金

引用回帖:

Originally posted by nkyx at 2009-3-22 21:32:
MSD？还是RMSD？
你算这玩意的目的是什么？

考察一下体系粘度等性质
我也不太清楚

你说

RMSD 是什么？均方根偏差RMS
我也想算这个这个是不是可以联系高斯
我的计算只是文章的一小部分
好多还不明白
这个RMs怎么计算？多多指教啊

赞一下

回复此楼

9楼2009-03-23 20:31:05

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

nkyx

铁杆木虫 (正式写手)

应助: 6 (幼儿园)
金币: 9431.2
散金: 12
红花: 4
帖子: 644
在线: 2271.7小时
虫号: 321349
注册: 2007-03-10
专业: 药物设计与药物信息

★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q 3-24 14:55

体系粘度？呃，这个不太懂。
RMSD---root-mean-square deviation. 就是你说的均方根偏差。用来比较2个分子或者同一分子不同构象的差异。此值越小，表示越相似。
如果是大分子的，可以用VMD， pymol或者其它的软件都可以算；
如果是小分子，网上有一些免费的软件业可以算，像KineMage，不过没用过，希望有知道的高手补充。

赞一下(10人)

回复此楼

10楼2009-03-24 14:28:19

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 ideal2007 的主题更新

返回列表