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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】ＭＳＤ怎么计算
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ideal2007

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ＭＳＤ怎么计算

请大家多多指教啊
快毕业了老板让多做计算
现在利用高斯计算了分子模型　
向进一步计算均方位移ＭＳＤ
可是看了半天也不明白　
请各位大师多多指教啊
半路出家学计算　现在还是什么都不会
谢谢大家啦

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:09 ]
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1楼 2009-03-21 10:13:45
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-21 17:20
均方位移有公式的啊，很好算的啊。但均方位移是与时间有关的量，一般是对分子动力学模拟得到的原子位置的变化进行分析，也就是说，分析的是运动轨迹。如果你用高斯优化结构，应是得不到运动轨迹的。除非你对均方位移有其它的定义。
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2楼2009-03-21 11:07:22
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ideal2007

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2009-3-21 11:07:
均方位移有公式的啊，很好算的啊。但均方位移是与时间有关的量，一般是对分子动力学模拟得到的原子位置的变化进行分析，也就是说，分析的是运动轨迹。如果你用高斯优化结构，应是得不到运动轨迹的。除非你对均方位 ...

十分感谢你的解释
对于均方位移不是用程序计算出来的吗?自己实在是比较菜，不懂的太多

对于最开始的结构 使用分子动力学模拟得到之后
根据性质参数什么的在计算MSD？
没有用过分子动力学软件
只是使用过一阵高斯
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3楼2009-03-21 11:16:11
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-21 17:20
均方位移当然是用程序算出来的。可以在MD结束之后，对轨迹文件进行处理，也可以在MD的过程当中顺便算出来。无非就是统计原子在第N步和第N-1步之间的位移的平方。
我不了解你为什么要算均方位移。你对你的均方位移有没有什么特殊的定义啊？
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4楼2009-03-21 11:32:23
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):thanks！ 3-21 21:39
在md中算均方位移
  (1)  可以观察体系的平衡情况
  (2)  可以用来粗略的估计一下 体系的粘度.

  不过用gaussian 计算的结果,能用来计算MSD吗??高斯的计算中,分子几乎是静止不动的.   没见过在gaussian 里计算MSD.只在MD中见过.
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
5楼2009-03-21 20:27:40
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-24 09:31
the art of molecular simulation 这本书里有计算MSD的程序，估计要从头看才能看的懂
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6楼2009-03-21 21:41:37
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ideal2007

银虫 (正式写手)
谢谢楼上各位大师了
等我研究一下怎么转移金币，实在不好意思，这个还不会呢

还请大家多多指导计算模拟的知识
十分感谢大家了
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7楼2009-03-21 21:45:03
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-26 08:54
MSD？还是RMSD？
你算这玩意的目的是什么？
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8楼2009-03-22 21:32:19
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ideal2007

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by nkyx at 2009-3-22 21:32:
MSD？还是RMSD？
你算这玩意的目的是什么？

考察一下体系粘度等性质
我也不太清楚

你说


RMSD 是什么？均方根偏差RMS
我也想算这个 这个是不是可以联系高斯
我的计算只是文章的一小部分
好多还不明白
这个RMs怎么计算？多多指教啊
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9楼2009-03-23 20:31:05
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q 3-24 14:55
体系粘度？呃，这个不太懂。
RMSD---root-mean-square deviation. 就是你说的均方根偏差。用来比较2个分子或者同一分子不同构象的差异。此值越小，表示越相似。
如果是大分子的，可以用VMD， pymol或者其它的软件都可以算；
如果是小分子，网上有一些免费的软件业可以算，像KineMage，不过没用过，希望有知道的高手补充。
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10楼2009-03-24 14:28:19
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