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小黄花

新虫 (正式写手)

[交流] 分子对接已有5人参与

我的毕业课题是治疗某疾病的天然产物的活性成分计算机虚拟筛选,用到了DS和autodock软件。我现在用DS初筛之后,再用autodock打开靶点蛋白,处理过后,晶格选择能包住靶点蛋白活性部位,然后就开始对接了,初筛结束得到一共七百多个,目前对接了三四百个吧,保留了最低自由结合能小于-7的配体小分子,再用pymol查看靶点和筛选出来的配体的结合情况,发现打开了好多分子与靶点蛋白都没有氢键相连,这样的话,等到下一步进行ADMET筛选岂不很有可能筛不到东西。这是正常现象?还是,我的对接位置选择不对?还是有其他的可能性?大神们你们觉得呢?

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冷血孤峰

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你好,我是研一的,老板让我用Rosetta来做虚拟筛选,所以有些问题想请教一下大佬。

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12楼2018-06-09 10:26:15
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wavingsea9911

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
为什么换这么多工具?DS里面不是全能解决吗?

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2楼2018-04-13 22:27:10
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77qa

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by wavingsea9911 at 2018-04-13 22:27:10
为什么换这么多工具?DS里面不是全能解决吗?

借楼问一下,我用DS做小分子的能量最小化,软件运行了一个多小时还没完,是不是出问题了,小分子是咖啡酸
3楼2018-04-13 22:40:51
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小黄花

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wavingsea9911 at 2018-04-13 22:27:10
为什么换这么多工具?DS里面不是全能解决吗?

我是按照学姐论文的步骤操作的,DS上对接我没试过

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4楼2018-04-13 23:02:02
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