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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接
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小黄花

新虫 (正式写手)

[交流] 分子对接 已有5人参与

我的毕业课题是治疗某疾病的天然产物的活性成分计算机虚拟筛选，用到了DS和autodock软件。我现在用DS初筛之后，再用autodock打开靶点蛋白，处理过后，晶格选择能包住靶点蛋白活性部位，然后就开始对接了，初筛结束得到一共七百多个，目前对接了三四百个吧，保留了最低自由结合能小于-7的配体小分子，再用pymol查看靶点和筛选出来的配体的结合情况，发现打开了好多分子与靶点蛋白都没有氢键相连，这样的话，等到下一步进行ADMET筛选岂不很有可能筛不到东西。这是正常现象？还是，我的对接位置选择不对？还是有其他的可能性？大神们你们觉得呢？

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1楼 2018-04-13 19:31:47
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匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。
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10楼2018-04-20 18:10:00
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wavingsea9911

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
为什么换这么多工具？DS里面不是全能解决吗？

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2楼2018-04-13 22:27:10
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77qa

新虫 (初入文坛)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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2楼: Originally posted by wavingsea9911 at 2018-04-13 22:27:10
为什么换这么多工具？DS里面不是全能解决吗？

借楼问一下，我用DS做小分子的能量最小化，软件运行了一个多小时还没完，是不是出问题了，小分子是咖啡酸
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3楼2018-04-13 22:40:51
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小黄花

新虫 (正式写手)
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2楼: Originally posted by wavingsea9911 at 2018-04-13 22:27:10
为什么换这么多工具？DS里面不是全能解决吗？

我是按照学姐论文的步骤操作的，DS上对接我没试过

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4楼2018-04-13 23:02:02
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hclwonder

新虫 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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3楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-13 22:40:51
借楼问一下，我用DS做小分子的能量最小化，软件运行了一个多小时还没完，是不是出问题了，小分子是咖啡酸...

软件版本？Windows版本？

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5楼2018-04-13 23:17:51
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小黄花

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-13 22:40:51
借楼问一下，我用DS做小分子的能量最小化，软件运行了一个多小时还没完，是不是出问题了，小分子是咖啡酸...

你是不是把所有的分子一下子放进去了……

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6楼2018-04-13 23:25:59
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77qa

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 小黄花 at 2018-04-13 23:25:59
你是不是把所有的分子一下子放进去了……
...

我只有一个分子
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7楼2018-04-13 23:40:32
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77qa

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-13 23:17:51
软件版本？Windows版本？
...

ds2.5，，win8
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8楼2018-04-13 23:43:12
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hclwonder

新虫 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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8楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-13 23:43:12
ds2.5，，win8...

2.5不支持win8（可以安装但运行不正常）。装win7就好了。

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9楼2018-04-13 23:45:07
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