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小黄花

新虫 (正式写手)

[交流] 分子对接 已有5人参与

我的毕业课题是治疗某疾病的天然产物的活性成分计算机虚拟筛选,用到了DS和autodock软件。我现在用DS初筛之后,再用autodock打开靶点蛋白,处理过后,晶格选择能包住靶点蛋白活性部位,然后就开始对接了,初筛结束得到一共七百多个,目前对接了三四百个吧,保留了最低自由结合能小于-7的配体小分子,再用pymol查看靶点和筛选出来的配体的结合情况,发现打开了好多分子与靶点蛋白都没有氢键相连,这样的话,等到下一步进行ADMET筛选岂不很有可能筛不到东西。这是正常现象?还是,我的对接位置选择不对?还是有其他的可能性?大神们你们觉得呢?

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匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖仅楼主可见
10楼2018-04-20 18:10:00
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wavingsea9911

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
为什么换这么多工具?DS里面不是全能解决吗?

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2楼2018-04-13 22:27:10
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77qa

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by wavingsea9911 at 2018-04-13 22:27:10
为什么换这么多工具?DS里面不是全能解决吗?

借楼问一下,我用DS做小分子的能量最小化,软件运行了一个多小时还没完,是不是出问题了,小分子是咖啡酸
3楼2018-04-13 22:40:51
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小黄花

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wavingsea9911 at 2018-04-13 22:27:10
为什么换这么多工具?DS里面不是全能解决吗?

我是按照学姐论文的步骤操作的,DS上对接我没试过

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4楼2018-04-13 23:02:02
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hclwonder

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-13 22:40:51
借楼问一下,我用DS做小分子的能量最小化,软件运行了一个多小时还没完,是不是出问题了,小分子是咖啡酸...

软件版本?Windows版本?

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5楼2018-04-13 23:17:51
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小黄花

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-13 22:40:51
借楼问一下,我用DS做小分子的能量最小化,软件运行了一个多小时还没完,是不是出问题了,小分子是咖啡酸...

你是不是把所有的分子一下子放进去了……

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6楼2018-04-13 23:25:59
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77qa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 小黄花 at 2018-04-13 23:25:59
你是不是把所有的分子一下子放进去了……
...

我只有一个分子
7楼2018-04-13 23:40:32
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77qa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-13 23:17:51
软件版本?Windows版本?
...

ds2.5,,win8
8楼2018-04-13 23:43:12
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hclwonder

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-13 23:43:12
ds2.5,,win8...

2.5不支持win8(可以安装但运行不正常)。装win7就好了。

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9楼2018-04-13 23:45:07
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