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bents

铁虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】如何正确输入BSSE文件

我的体系含有Ru, O , H ,C 原子，采用B3LYP/GENECP 基组请问如何输入正确的计算相互作用的文件谢谢大家的帮助

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1楼 2009-03-17 09:54:28

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yuhuobuku

木虫 (正式写手)

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专业: 量子化学

★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 3-17 23:13

这不写着了么ONIOM and Counterpoise不能同时用呗

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薄酒可以忘忧，丑妻可以白头，徐行不必驷马，称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律

6楼2009-03-17 12:30:38

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yuhuobuku

木虫 (正式写手)

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专业: 量子化学

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
bents(金币+1):谢谢参与
bents(金币+5,VIP+0):如果使用ONIOM方法请问是不是也可以呢？ 3-17 10:53
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 3-18 08:57

用counterpoise关键字：
#uB3LYP/6-31G Counterpoise=2 SCF=(tight)

C2 +  NO --> C2NO

0 2 0 1 0 2
C       0.000000 1.600184 0.000000 1
C       0.000000 0.960265 0.000000 1
N       0.208401 3.031919 0.000000 2
O       1.164068 3.666273 0.000000 2

0 2 0 1 0 2分别代表总体系电荷和多重度，片段一的电荷和多重度，片段二的电荷和多重度。

分子坐标后的1和2是定义的片段

用Bq原子：
# b3lyp/3-21G** nosymm scf=tight test

HBr + H2O manual counterpoise calculation, H2O removed

0  1
H    0.685176 -0.004924 -0.026973
Br    -0.771917 0.000050 0.001967
O-Bq 2.536864 -0.000136 -0.051401
H-Bq 3.015128 0.789231 0.184042
H-Bq 3.021888 -0.784986 0.185282

这就相当于用HBr + H2O的基组计算HBr

举个例子，比如计算AB体系的BSSE矫正：
需要得出的五个能量分别是：
第一个是整体的能量E(AB)
第二个是单独计算A的能量E(A)
第三个是单独计算B的能量E(B)
第四个是计算在AB基组下，A的能量E(A/AB)
第五个是计算在AB基组下，B的能量E(B/AB)

那么，BSSE energy =E(A)+E(B)-E(A/AB)-E(B/AB)。计算E(A/AB)的基函数是计算AB的基函数，而计算E(A)的基函数只是计算AB基函数的一部分，基函数越多，能量计算的越准确，能量计算越准确，就越低，所以E(A/AB) 所以经过矫正的结合能由于加上了一个BSSE energy，并且这个值是大于零的，所以矫正后的结合能要比没矫正前的结合能大。

输出文件里面5个scf第一个是整体的能量(记为E(AB))，后面4个是单体能量，分别是2个部分在整体基组和各自基组下的能量。

我当时是用-Bq原子算的BSSE矫正，估计你是用CP方法吧。但原理都是一样的。

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薄酒可以忘忧，丑妻可以白头，徐行不必驷马，称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律

2楼2009-03-17 09:58:02

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