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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】如何正确输入BSSE文件
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bents

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何正确输入BSSE文件

我的体系含有Ru, O , H ,C 原子，采用B3LYP/GENECP 基组 请问如何输入正确的 计算相互作用的文件 谢谢大家的帮助
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1楼 2009-03-17 09:54:28
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
bents(金币+1):谢谢参与
bents(金币+5,VIP+0):如果使用ONIOM方法 请问是不是也可以呢？ 3-17 10:53
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 3-18 08:57
用counterpoise关键字：
#uB3LYP/6-31G Counterpoise=2 SCF=(tight)

C2 +  NO --> C2NO  

0 2 0 1 0 2
C        0.000000    1.600184    0.000000 1
C        0.000000    0.960265    0.000000 1
N        0.208401    3.031919    0.000000 2
O        1.164068    3.666273    0.000000 2

0 2 0 1 0 2分别代表总体系电荷和多重度，片段一的电荷和多重度，片段二的电荷和多重度。

分子坐标后的1和2是定义的片段

用Bq原子：
# b3lyp/3-21G** nosymm scf=tight test

HBr + H2O manual counterpoise calculation, H2O removed

0  1
H       0.685176   -0.004924   -0.026973
Br     -0.771917    0.000050    0.001967
O-Bq    2.536864   -0.000136   -0.051401
H-Bq    3.015128    0.789231    0.184042
H-Bq    3.021888   -0.784986    0.185282

这就相当于用HBr + H2O的基组计算HBr

举个例子，比如计算AB体系的BSSE矫正：
需要得出的五个能量分别是：
第一个是整体的能量E(AB)
第二个是单独计算A的能量E(A)
第三个是单独计算B的能量E(B)
第四个是计算在AB基组下，A的能量E(A/AB)
第五个是计算在AB基组下，B的能量E(B/AB)

那么，BSSE energy =E(A)+E(B)-E(A/AB)-E(B/AB)。计算E(A/AB)的基函数是计算AB的基函数，而计算E(A)的基函数只是计算AB基函数的一部分，基函数越多，能量计算的越准确，能量计算越准确，就越低，所以E(A/AB) 所以经过矫正的结合能由于加上了一个BSSE energy，并且这个值是大于零的，所以矫正后的结合能要比没矫正前的结合能大。

输出文件里面5个scf第一个是整体的能量(记为E(AB))，后面4个是单体能量，分别是2个部分在整体基组和各自基组下的能量。

我当时是用-Bq原子算的BSSE矫正， 估计你是用CP方法吧。但原理都是一样的。
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薄酒可以忘忧，丑妻可以白头，徐行不必驷马，称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律
2楼2009-03-17 09:58:02
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
bents(金币+3,VIP+0):还请您帮助 3-17 11:28
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-18 08:58
至于你采用的赝势基组，只需要按赝势基组的格式输入就可以了。其他跟我上面说的一样。
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薄酒可以忘忧，丑妻可以白头，徐行不必驷马，称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律
3楼2009-03-17 09:59:34
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loovfnd

至尊木虫 (著名写手)
★
bents(金币+1):谢谢参与
好精彩的回答，谢谢，学到不少。
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莫强求！
4楼2009-03-17 11:04:19
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bents

铁虫 (小有名气)
我试验了一下  但是输出的提示如下   

%chk=AA4_bsse.chk
%mem=1700mb
%nproc=4
Will use up to    4 processors via shared memory.
-----------------------------------------------------------------
# oniom(b3lyp/genecp:b3lyp/3-21g) nosymm scf=tight Counterpoise=2
-----------------------------------------------------------------
Cannot combine ONIOM and Counterpoise.


请问 为什么？
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5楼2009-03-17 11:27:30
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 3-17 23:13
这不写着了么ONIOM and Counterpoise不能同时用呗
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6楼2009-03-17 12:30:38
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bents

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yuhuobuku at 2009-3-17 12:30:
这不写着了么ONIOM and Counterpoise不能同时用呗

我就是想问问 谢谢啊
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7楼2009-03-17 14:08:38
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半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家
jghe(金币+0,VIP+0):谢谢你参与讨论！ 3-18 19:39
2楼关于结合能的，解释很详细，不过我认为输出出文件中的五个能量，顺序好像不太对，补充下！
需要得出的五个能量分别是：
第一个是整体的能量E(AB)
第二个是计算在AB基组下，A的能量E(A/AB)
第三个是计算在AB基组下，B的能量E(B/AB)
第四个是单独计算A的能量E(A)
第五个是单独计算B的能量E(B）
要不然代入公式BSSE为负值！不对的！
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8楼2009-03-18 15:07:29
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢你参与讨论！ 3-18 19:39
引用回帖:
Originally posted by 半支烟5591 at 2009-3-18 15:07:
2楼关于结合能的，解释很详细，不过我认为输出出文件中的五个能量，顺序好像不太对，补充下！
需要得出的五个能量分别是：
第一个是整体的能量E(AB)
第二个是计算在AB基组下，A的能量E(A/AB)
第三个是计算在A ...

BSSE也只是个差值而已，至于它是正是负并不能从本质上决定什么。
你再琢磨琢磨吧
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薄酒可以忘忧，丑妻可以白头，徐行不必驷马，称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律
9楼2009-03-18 15:26:33
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