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斯芬克斯喵

新虫 (小有名气)

[求助] 求助做分子对接之后的分析软件 已有1人参与

用ds的zdock对接完成的蛋白复合物进行分析的软件有哪些啊?就是能够分析出对接位置氨基酸能量的软件。我看好多都是需要amber中的mmgasp包。ambertools可以么?

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沙漠猎人

版主 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 斯芬克斯喵 at 2018-03-20 14:10:29
就是将对接完成的复合物跑分子动力学之后然后再进行mmpbsa计算呗?还是要两个大分子分别跑动力学呢?

分别做拓扑文件,然后做整体的分子动力学

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www.modekeji.cn
4楼2018-03-20 15:28:00
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沙漠猎人

版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
算能量一般是用mmpbsa方法,但是这个需要先跑动力学采集构象才能分析
mmpbsa模块在ambertools中就有
www.modekeji.cn
2楼2018-03-20 13:31:11
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斯芬克斯喵

新虫 (小有名气)

就是将对接完成的复合物跑分子动力学之后然后再进行mmpbsa计算呗?还是要两个大分子分别跑动力学呢?

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3楼2018-03-20 14:10:29
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斯芬克斯喵

新虫 (小有名气)

好的。我先试一下

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5楼2018-03-20 15:47:47
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