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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助做分子对接之后的分析软件
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斯芬克斯喵

新虫 (小有名气)

[求助] 求助做分子对接之后的分析软件 已有1人参与

用ds的zdock对接完成的蛋白复合物进行分析的软件有哪些啊？就是能够分析出对接位置氨基酸能量的软件。我看好多都是需要amber中的mmgasp包。ambertools可以么？

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1楼 2018-03-20 13:25:04
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沙漠猎人

版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
算能量一般是用mmpbsa方法，但是这个需要先跑动力学采集构象才能分析
mmpbsa模块在ambertools中就有
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2楼2018-03-20 13:31:11
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斯芬克斯喵

新虫 (小有名气)
就是将对接完成的复合物跑分子动力学之后然后再进行mmpbsa计算呗？还是要两个大分子分别跑动力学呢？

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3楼2018-03-20 14:10:29
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沙漠猎人

版主 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 斯芬克斯喵 at 2018-03-20 14:10:29
就是将对接完成的复合物跑分子动力学之后然后再进行mmpbsa计算呗？还是要两个大分子分别跑动力学呢？

分别做拓扑文件，然后做整体的分子动力学

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4楼2018-03-20 15:28:00
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斯芬克斯喵

新虫 (小有名气)
好的。我先试一下

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5楼2018-03-20 15:47:47
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斯芬克斯喵

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2018-03-20 15:28:00
分别做拓扑文件，然后做整体的分子动力学
...

你好。我还想问一下就是zdock对接之后得到的构像有很多个。我是需要选择最优的还是说随便一个复合物进行分子动力学呢？怎么把两个蛋白单独的pdb文件整合在一起呢？因为用ds对接之后的复合物保存的pdb文件就只有原子的位置。就连基本的折叠跟螺旋结构都没有了。那可以用这个pdb跑分子动力学
么？

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6楼2018-05-17 15:36:16
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沙漠猎人

版主 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 斯芬克斯喵 at 2018-05-17 15:36:16
你好。我还想问一下就是zdock对接之后得到的构像有很多个。我是需要选择最优的还是说随便一个复合物进行分子动力学呢？怎么把两个蛋白单独的pdb文件整合在一起呢？因为用ds对接之后的复合物保存的pdb文件就只有原子 ...

zdock不管怎么选择，都要给出理由，可以是打分值，也可以是你自己的评判标准；
pdb文件说白了就是一些原子的坐标文件，复制粘贴就可以；
只是显示问题而已，没有必要纠结螺旋折叠的。
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7楼2018-05-17 16:02:40
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斯芬克斯喵

新虫 (小有名气)
可是想把对接之后的pdb文件用pymol进行美化一下。如果没有那些螺旋和折叠在改变显示效果的时候好多键就没有了

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8楼2018-05-17 17:53:52
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孤独的皮特祁

新虫 (初入文坛)
你好，能发我一份分子动力学模拟的sop吗
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9楼2022-01-04 17:21:45
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