24小时热门版块排行榜    

查看: 515  |  回复: 5
当前主题已经存档。

lvyanniwin

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如果一定要用AMBER力场来优化有机小分子,参数如何设置?

各位大侠好:
      由于课题需要,一定需要使用AMBER力场来优化有机小分子,结果当然是一些双键显示出电荷分配不均,有没有什么设置参数的方法或者其它改进的方法,来解决这一不可能完成的任务呢?

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-28 at 13:49 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuefei06

木虫 (正式写手)

你的意思是考虑电子运动,还是固定的点电荷分布,或者是变化的电荷分布呀
2楼2009-03-08 13:51:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)

电荷分配不均是什么意思?力场优化的话不是每个原子上电荷是固定的么?
3楼2009-03-08 14:01:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvyanniwin

木虫 (正式写手)

版主所说的不太明白,但就是直接再AMBER力场下,从insightII里面构建分子时,就在双键等一些地方显示出问号,推断是缺乏参数,所以想问下这时候有什么办法解决?
4楼2009-03-08 21:28:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lvyanniwin(金币+9,VIP+0):xiexie 3-9 08:48
应该是因为双键两头的原子全部或有一个是非常用原子吧,insightII和amber都是生物领域的软件,仅对生物体内存在的常用原子有较好的参数化,其它的像过渡元素等大多是没有参数的,你应该把你的情况再说明一下。有问号肯定是没有参数
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2009-03-08 22:39:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvyanniwin

木虫 (正式写手)

哦,我知道,没有参数就没得办法了,谢谢了!
6楼2009-03-09 08:48:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lvyanniwin 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 275求调剂 +3 太阳花天天开心 2026-03-16 3/150 2026-03-17 08:01 by 热情沙漠
[考研] 11408 一志愿西电,277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 0703化学336分求调剂 +3 zbzihdhd 2026-03-15 4/200 2026-03-16 23:52 by zbzihdhd
[考研] [复试调剂]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +13 enenenhui 2026-03-13 14/700 2026-03-16 15:19 by 了了了了。。
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 326求调剂 +4 上岸的小葡 2026-03-15 5/250 2026-03-16 08:39 by Linda Hu
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[基金申请] 面上和青基一样限30页不合理 +5 wowsunflower 2026-03-10 7/350 2026-03-14 17:21 by kingkocxr
[考研] 求调剂,一志愿江南大学环境工程085701 +3 Djdjj12 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:31 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] (081700)化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 一志愿211化学学硕310分求调剂 +8 努力奋斗112 2026-03-12 9/450 2026-03-13 15:41 by JourneyLucky
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。,。,。,。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂0856材料化工 +12 z2839474511 2026-03-11 13/650 2026-03-13 10:39 by peike
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
信息提示
请填处理意见