应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】如果一定要用AMBER力场来优化有机小分子，参数如何设置？
61/1返回列表
查看: 638  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

lvyanniwin

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如果一定要用AMBER力场来优化有机小分子，参数如何设置？

各位大侠好：
      由于课题需要，一定需要使用AMBER力场来优化有机小分子，结果当然是一些双键显示出电荷分配不均，有没有什么设置参数的方法或者其它改进的方法，来解决这一不可能完成的任务呢？

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-28 at 13:49 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-03-08 09:20:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuefei06

木虫 (正式写手)
你的意思是考虑电子运动，还是固定的点电荷分布，或者是变化的电荷分布呀
赞一下 回复此楼
2楼2009-03-08 13:51:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)
电荷分配不均是什么意思？力场优化的话不是每个原子上电荷是固定的么？
赞一下 回复此楼
3楼2009-03-08 14:01:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvyanniwin

木虫 (正式写手)
版主所说的不太明白，但就是直接再AMBER力场下，从insightII里面构建分子时，就在双键等一些地方显示出问号，推断是缺乏参数，所以想问下这时候有什么办法解决？
赞一下 回复此楼
4楼2009-03-08 21:28:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lvyanniwin(金币+9,VIP+0):xiexie 3-9 08:48
应该是因为双键两头的原子全部或有一个是非常用原子吧，insightII和amber都是生物领域的软件，仅对生物体内存在的常用原子有较好的参数化，其它的像过渡元素等大多是没有参数的，你应该把你的情况再说明一下。有问号肯定是没有参数
赞一下(3人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2009-03-08 22:39:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvyanniwin

木虫 (正式写手)
哦，我知道，没有参数就没得办法了，谢谢了!
赞一下 回复此楼
6楼2009-03-09 08:48:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lvyanniwin 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭