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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】如果一定要用AMBER力场来优化有机小分子，参数如何设置？
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如果一定要用AMBER力场来优化有机小分子，参数如何设置？

各位大侠好：
      由于课题需要，一定需要使用AMBER力场来优化有机小分子，结果当然是一些双键显示出电荷分配不均，有没有什么设置参数的方法或者其它改进的方法，来解决这一不可能完成的任务呢？

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-28 at 13:49 ]
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1楼 2009-03-08 09:20:25
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xuefei06

木虫 (正式写手)
你的意思是考虑电子运动，还是固定的点电荷分布，或者是变化的电荷分布呀
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2楼2009-03-08 13:51:03
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recoli

金虫 (正式写手)
电荷分配不均是什么意思？力场优化的话不是每个原子上电荷是固定的么？
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3楼2009-03-08 14:01:56
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)
版主所说的不太明白，但就是直接再AMBER力场下，从insightII里面构建分子时，就在双键等一些地方显示出问号，推断是缺乏参数，所以想问下这时候有什么办法解决？
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4楼2009-03-08 21:28:45
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lvyanniwin(金币+9,VIP+0):xiexie 3-9 08:48
应该是因为双键两头的原子全部或有一个是非常用原子吧，insightII和amber都是生物领域的软件，仅对生物体内存在的常用原子有较好的参数化，其它的像过渡元素等大多是没有参数的，你应该把你的情况再说明一下。有问号肯定是没有参数
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2009-03-08 22:39:13
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)
哦，我知道，没有参数就没得办法了，谢谢了!
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6楼2009-03-09 08:48:51
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